1，植物抗蟲基因工程
在國家“863”計劃的支持下，中國農業科學院生物技術研究所成功合成並轉化了植物的Bt基因，獲得了高抗棉鈴蟲的轉基因棉花品種和品系。此外，中國農科院棉花所、南京農業大學、山西省農科院也以轉基因抗蟲棉為親本，育成了壹批抗蟲能力在80%以上、產量比主栽品種高15%的轉基因抗蟲雜交棉組合。我國具有自主知識產權的抗蟲棉的選育和大規模推廣應用，標誌著我國轉基因植物研究開始進入產業化發展階段。
為了有效控制水稻害蟲的危害，中國農業科學院生物技術研究所和華中農業大學成功獲得了轉Bt基因雜交水稻，對二化螟、二化螟和稻縱卷葉螟的毒殺效果達到95%。浙江農業大學(現並入浙江大學)也已成功將Bt基因導入早稻品種。目前，抗螟蟲轉基因水稻已進入環境釋放階段。中科院遺傳所研制成功的轉CpTI基因抗蟲水稻也分別獲準在北京、福建、山西進入中試和環境釋放。此外，中國農業大學研發的抗玉米螟轉基因玉米、復旦大學遺傳研究所研發的抗褐虱轉基因水稻、中國科學院微生物研究所和中國林科院林業研究所研發的抗蟲轉基因楊樹也進入了環境釋放階段。
2.抗病基因工程
中國農業科學院生物技術研究所成功合成並轉化了家蠶抗菌肽基因，並將其導入我國馬鈴薯主栽品種Milla，獲得I ∽ III級抗病性提高的轉基因品系，已獲農業部批準在四川省環境釋放。目前已向國內10多家研究單位提供抗菌肽基因，用於水稻白葉枯病、馬鈴薯軟腐病、花生番茄青枯病、大白菜軟腐病、柑橘潰瘍病、桑樹和案樹青枯病、櫻桃根腫病等細菌性病害的基因工程研究。
白葉枯病也是危害水稻生產的最嚴重的病害之壹。中國農業科學院生物技術研究所與國外合作研制成功的抗白葉枯病XA 21基因水稻明恢63品系已分別在安徽省和海南省試種。華中農業大學和中科院遺傳所研發的Xa21基因抗白葉枯病轉基因水稻也分別進入中試階段。
真菌病也是壹種嚴重影響農作物產量的疾病。中國農業科學院生物技術研究所與中國科學院上海植物生理研究所合作，從植物中成功克隆並改造了幾丁質酶基因和葡萄糖氧化酶基因。通過花粉管通道法將這兩個基因導入棉花，獲得了抗黃萎病、枯萎病和枯萎病的轉基因棉花。這些菌株在苗圃中表現良好，現已進入中試階段。
中國的抗病毒基因工程也取得了良好的進展。北京大學克隆了煙草花葉病毒TMV、黃瓜花葉病毒CMV、馬鈴薯X病毒等中國株系，水稻矮縮病毒外殼蛋白基因。成功培育的抗黃瓜花葉病毒甜椒和番茄已分別在雲南和福建進行中試或釋放到環境中。中國農科院油料研究所培育的抗條紋葉枯病轉基因花生、北京農科院蔬菜研究中心培育的抗蕪菁花葉病毒白菜、新疆農科院核技術生物技術獲得的抗黃瓜花葉病毒轉基因甜瓜，都已分別進入中試。此外，我國壹些研究單位還獲得了抗環斑病毒(PRSV)的番木瓜、抗黃矮病的小麥和抗黃花葉病毒的基因工程植株。
3.植物抗逆基因工程
我國在耐鹽基因工程方面取得了壹些進展。脯氨酸合成酶(proA)、菠菜堿脫氫酶(BADH)、甘露醇磷酸脫氫酶(mtl)和山梨醇磷酸脫氫酶(gutD)等耐鹽基因相繼被克隆。通過遺傳轉化獲得了耐鹽65，438+0%的苜蓿、耐鹽0.8%的草莓和耐鹽2%的煙草。這些轉基因植物中國科學院遺傳研究所將BADH基因導入水稻，獲得的轉基因水稻耐鹽性高，能在鹽田結果。
4.植物品質改良的基因工程。
北京大學將編碼必需氨基酸的基因轉入馬鈴薯中，獲得了必需氨基酸含量高的馬鈴薯品系。這些菌株已經在內蒙古種植，準備進入中試開發。中國農業大學成功將高賴氨酸基因導入玉米，獲得的轉基因玉米賴氨酸含量比對照高10%。
在控制植物發育的基因工程中，成熟技術延緩了成熟番茄的研究。華中農業大學和中科院植物所分別獲得了這種轉基因扇子，貯藏時間可延長1∽2個月，有的可達80天以上。1997農業部基因工程安全委員會已經批準這種耐儲藏番茄進行商業化生產。中國農業大學利用反義基因技術培育的耐儲藏番茄新品種已經被釋放到環境中。
北京大學成功將花青素代謝相關的查爾酮合酶基因導入花卉植物矮牽牛。轉基因矮牽牛的顏色表現出自然界中沒有的變化，這提高了花的觀賞價值。轉基因蘭花和非洲菊的研究正在進行中。
5.植物葉綠體基因工程
中國農業科學院生物技術研究所是國內較早開展植物葉綠體遺傳轉化研究的單位。1996建立了煙草葉綠體遺傳轉化體系，成功將Bt基因導入煙草葉綠體，轉基因植株殺蟲效果顯著。他們還將固氮酶基因(nifH和nifM)、抗藥基因(bar基因)和綠色熒光蛋白(GFP)引入煙草葉綠體。
6.植物生物反應器
利用轉基因植物作為生物反應器生產藥用蛋白的研究越來越受到各國的重視，利用轉基因植物生產口服疫苗是研究和探索的熱點之壹。中國農科院生物技術研究所的研究人員將乙肝病毒表面抗原基因導入土豆和西紅柿，餵養小鼠，檢測出高保護性抗體，濃度足以保護人類。該研究所還探索了利用植物葉綠體作為生物反應器來生產藥用蛋白質。目前，HCV抗原基因已被導入衣藻葉綠體中。利用轉基因植物生產口服疫苗可以大大降低疫苗的生產成本，在發展中國家有較好的發展前景。