（壹）糧農收入過低，制約種糧積極性，影響糧食安全
糧食是壹項社會效益大，經濟效益差的產品，與種其他經濟作物比較有較大的差距。按現在的市場價格計算，種壹畝糧食作物純收入500元錢，而種植西瓜、棉花、花生、蔬菜的收入分別為2000元、1500元、1200元、1000元，有些經濟作物甚至更高。糧農響應國家的號召為了保證國家糧食安全就必須多種糧食，少種經濟作物，而多種糧食就要意味著犧牲種糧農民，特別是糧食主產區農民的部分利益。同時糧食產量目前還沒有擺脫“靠天收”的局面，糧農收入受氣候和市場因素制約很不穩定，直接制約糧農收入，影響糧農種糧積極性。
（二）耕地數量逐漸減少，影響糧食安全。
耕地是發展糧食生產的基本條件之壹。近年來由於農業產業結構調整，非農建設占用耕地，耕地開墾後備資源有限，導致耕地數量不斷減少。產業結構調整是農民提高經濟收入的壹條新途徑，很多農民將耕地改種經濟作物，挖塘養魚，發展畜禽養殖。農民的收入得到了提高，但是嚴重減少糧食生產面積，保護耕地和糧食安全生產、農民增收之間成為新的矛盾，同時非農建設占用耕地的進度逐年加大，土地供需矛盾日益突出。再者受環境土質等多方面的影響，能開墾為耕地的荒地極為有限，開墾的耕地受土質環境的影響，很難達到被占耕地的同等質量。
（三）農村水利基礎設施薄弱，影響糧食安全。
在我國，很多水庫大都建於上世紀七十年代以前，由於當時的技術水平有限，大多數水庫主要設施不配套，大壩壩體等方面存在安全隱患。特別是縣市區的小型水庫，存在不安全隱患的水庫達70%，維護改造迫在眉睫。國家對水庫建設管理以及設施維修改造長期以來實行分級負責的辦法，即所謂的事權劃分。受益範圍不跨縣市只在本地的水利設施壹般很難爭取到上級整險加固和維修改造經費。現在壹些大中型水庫的維修改造己經陸續納入國家財政計劃，其幹渠在國家財政支持下己基本硬化，而小型水庫維修因地方財政困難而無人問津，且相關的支渠、毛渠因年久失修，泥沙淤積，渠底擡高，流速減緩，同時大量滲漏，渠系水利用率只有40%，無法保證糧食的豐產穩產，影響著糧食安全。
（四）扶持糧食生產的機制不健全，政策落實不到位，影響糧食安全。
長期以來，國家不是把解決農民問題放在第壹位，而是把解決農業問題放在第壹位。當糧食等農產品供不應求時，就采取壹定的政策來提高農民種糧收入，調動農民生產積極性，短期內，農民收入增幅較高，糧食產量有所提高甚至大幅度提高；而當糧食等農產品供給情況好轉時，政策就會有所改變，導致農民收入減少，種糧積極性下降，糧食產量也隨之下滑甚至大幅度下降。我國改革開放後幾次糧食產量波動都深刻說明了這壹問題。2004年以來，由於減免了農業稅、對種糧農民進行補貼，出臺糧食收購最低保護價、農機補貼、良種補貼等壹系列有助於促進農民種糧積極性的政策，糧食產量大幅提高，但有些政策在落實中都打了折扣，農民沒有得到應有的補償。如有些地方的農機補貼農民只享受了壹半的實惠，還有壹半被農機生產企業、經銷商和農機主管部門層層盤剝了。如國家對農資生產企業進行了補貼，但農資生產企業並沒有降低價格，農資價格仍然居高不下，這部分資金沒有真正發揮穩定農資價格的作用，不如直接補貼給農民。2007年種壹畝糧食農民得到的糧食直補、良種補貼、綜合補貼是40元左右，而今年每畝田的農業生產資料開支漲了20元以上，占政府激勵政策金額的50%。
（五）地方財政糧食政策性虧損補貼包袱重，影響糧食安全。
糧食企業實行改革時按照有關政策要求，實行了糧食政策性虧損財務掛帳停息。按照要求，政策性虧損掛帳本金暫時不要求償還，只支付利息，但是僅利息部分就壓得很多財政困難縣市擡不起頭來。只能從包幹到縣的糧食風險基金中列支壹部分利息，還有大部分由當地政府籌資解決。這些負擔嚴重制約了糧食企業的發展，制約了當地經濟的發展，也影響了糧食安全。
（六）糧食儲備單位設施老化，檢測手段落後，影響糧食安全。
國家先後投入大量資金興建了很多國家糧食儲備庫，但是這遠遠不能滿足國家糧食儲備的需求。有大量的國家儲備糧食必須存放在地方糧食企業倉庫，這些倉庫因維修資金不足，倉庫設施老化，上漏下潮，墻身裂縫、傾斜、門窗損壞嚴重。同時地方糧食質量監督檢驗設備老化，檢測經費不足，無法對糧食品質進行檢測，嚴重影響糧食安全。