導演:吳
副主任:馬(正局級)、、鄧曉明
承擔國家科技教育領導小組交辦的相關工作；負責相關重要文件的起草和調研；負責會議組織、文電處理、文秘事務、文件檔案管理、信訪、保密等政務工作；負責科技宣傳和新聞發布。圍繞部中心工作開展軟科學研究。
由:1、綜合辦公室(信訪辦)2、秘書處(督查室)3、研究室1 4、研究室2 5、留言檔案室6、宣傳辦公室(新聞辦公室)7、行政管理辦公室8、機關財務辦公室。
人事部
導演:李平
副主任:姜肅南、孫小明。
按照幹部管理權限，負責部機關和直屬單位幹部隊伍建設及相關人員和機構編制工作；負責國外科技幹部的選拔和管理。
由:1、綜合培訓部2、幹部部3、外籍幹部部4、組織與勞動部組成。
政策法規和體制改革司(創新體系建設辦公室)
導演:徐建培
副主任:徐建國、翟立新、林欣。
研究國家科技工作和科技與經濟結合的方針政策，營造有利於科技成果轉化的環境；組織研究科技體制改革的總體規劃和政策措施，指導和推動部門和地方科研院所的體制改革；研究起草科技法律法規，提出加強科技知識產權保護、技術合同仲裁和科技咨詢的政策措施；研究科技人員的有關政策，推動科技管理幹部的培訓和科普工作；審核科研機構的設立和調整。
下設:1、綜合與政策處2、法規與知識產權處3、體制改革與創新體系處4、人才與科普處5、技術創新協調處。
發展規劃部
導演:王曉芳
副主任:葉玉江、、蔡。
研究科技發展戰略，組織制定中長期科技發展規劃；組織編制國家科技發展規劃、科技發展規劃指南和國家工程中心等科技基地建設規劃；對國家各類科技計劃的協調、綜合平衡和資金分配提出建議。研究提出科技成果登記、評估、鑒定、獎勵、保密、技術市場和技術出口的政策法規和管理措施；參與國家重大科學工程的建設規劃；管理國家高新技術重點新產品工作；負責科技統計工作。
下設:1、綜合規劃辦公室(科技保障辦公室)2、規劃協調辦公室3、高新技術研發辦公室4、科技研究室5、平臺基地辦公室6、區域科技發展辦公室7、評價統計辦公室。
科研條件與財務司
導演:張小元
副主任:戴國慶、吳學體
研究多渠道增加科技投入的政策措施，負責開辟渠道，籌集科技資金；負責編制歸口管理的科技事業、科技“三項費用”和科技外事經費等相關支出的預算和決算；推進科技經費財務改革和財務會計制度的執行，監督經費的使用和管理；研究保障科研條件的方針、政策和計劃；負責科技期刊的管理；編制和管理工程處的基本建設計劃；監管直屬單位國有資產。
下設:1、綜合辦公室2、條件辦公室3、預算辦公室4、財務資產辦公室5、會計監督辦公室。
國際合作司(港澳臺辦公室)
導演:金曉明
副主任:姚維科、馬林英、許、陳
研究國際科技合作的方針、政策和有關規章制度；組織實施雙邊、多邊政府間及相關國際組織間的科技合作計劃、官方科技合作協議等外事活動，審核協調重要的民間科技合作交流項目；組織實施外國政府和國際組織對華科技援助和我國對外科技援助；指導國外科技機構的工作，聯系外國政府和國際組織在華科技機構，聯系香港、澳門特別行政區和臺灣省的相關科技工作。
由:1、整合與規劃處2、國際組織與會議處3、美洲大學處4、亞非處5、歐洲處6、政策研究與指導處7、歐亞處組成。
基礎研究部
導演:張先恩
副主任:彭壹琪
研究國家基礎研究的發展戰略、方針和政策；組織提出國家重點基礎研究發展規劃，實施重大基礎研究項目前期研究專項；組織推薦和實施國家重大科學工程和重點基礎研究基地建設；規劃和指導國家重點實驗室的建設；推進基礎研究機構科技體制改革；承擔基礎研究相關工作。
下設:1、綜合與基礎工作部2、基地建設部3、重大項目部4、重大科研計劃部。
高技術開發與產業化司
導演:趙玉海
副主任:胡、陳家昌、楊
研究工業領域高新技術發展和產業化的方針政策；組織提出工業領域高新技術發展的規劃和計劃；組織實施信息、自動化、能源、新材料等領域的高技術研發計劃；組織實施國家重大科技攻關計劃和工業領域科技創新項目；承擔國家高新技術產業開發區和科技企業孵化器的宏觀管理；推進工業領域科技體制改革和生產力促進中心等技術服務體系建設。
由:1、綜合規劃事業部2、能源事業部3、交通事業部4、信息與航天事業部5、先進制造及自動化事業部6、材料事業部7、產業發展事業部組成。
農村科技司
導演:陳傳紅
副主任:汪哲和郭誌偉。
會同有關部門研究提出科技促進農業、農村和農民發展的方針政策；研究提出農業科技發展的戰略部署、優先發展領域和關鍵技術；指導和組織實施國家重大農業科技研究計劃；指導現代農業領域高新技術研究計劃的實施；組織實施星火計劃、農村科技產業化環境建設和重大科技產業推廣；指導和管理農業科技成果轉化資金的落實；協調和指導農業科技園區的發展；指導和組織農村科技服務體系建設、農村科普和科技扶貧；處理農業科技領域的重大應急事務和突發事件；推進相關領域科技體制改革。
由:1、綜合計劃處2、農業科技處3、工業科技處4、基層科技處組成。
社會發展科學技術部
導演:馬延河
副主任:楊哲、田。
會同有關部門研究提出人口、資源、環境、醫藥衛生、公共安全、城鎮化和城市發展、生物技術等社會發展領域的科技規劃、發展重點和政策措施；組織實施上述社會發展領域的科學技術研究計劃；組織實施海洋、資源與環境、生物、醫學等領域的高技術研發計劃；協調和指導氣候變化等全球環境科技工作，組織實施相關清潔發展機制合作項目；推進相關領域科技體制改革；指導部門和地方開展社會發展科學技術工作。
由:1，綜合與社會事務部2，資源與環境部3，生物技術與醫藥部4，社會事務部組成。
黨委
常務副書記:王均明
副書記兼紀委書記:董三多
負責省廳和京直屬單位黨群工作。
由:1、辦公室(工會)2、組織宣傳3、團委、青聯組成。
老幹部局
導演:廖傑平
副主任:李永橋
貫徹黨中央、國務院關於離退休幹部工作的方針、政策，根據離退休幹部統壹管理、分別對待的原則，制定本部門的具體實施辦法。
組織離退休幹部閱讀、學習文件、參加政治活動。負責安排離休幹部的醫療、福利、休息和用車服務。有組織有領導地充分發揮離退休幹部在社會主義兩個文明建設中的作用。會同有關部門辦理離休幹部的喪葬和善後事宜。負責檢查和指導直屬單位離退休幹部工作，轉發和傳達有關文件。承辦部交辦的與離退休幹部工作有關的其他事項。由:1、綜合辦公室2、黨委辦公室3、生活服務辦公室4、文體管理辦公室組成。
主要特別辦公室
導演:徐旭
副主任:金
會同有關方面制定重大科技項目實施辦法，審查實施方案，提出綜合平衡、方案調整及相關配套政策建議，跟蹤監督實施，協調解決重大問題，組織評估驗收；負責相關綜合信息管理。
下:1，綜合協調辦公室；2.監督評估部；3、業務管理；4.商業管理二科
直屬機構
國家科學技術獎勵辦公室、中國科學技術信息研究所、科技部科技人才交流與開發服務中心、科技部服務中心(科技部服務局)、科技部專家公寓、科技部長島培訓中心、中國農村技術發展中心、 科技部火炬高技術產業發展中心、中國技術市場管理促進中心、科技部中小企業技術創新基金管理中心、中國生物技術發展中心、科技部高技術研究發展中心(科技部基礎研究管理中心)、科技部知識產權事務中心、科技部信息中心、國家遙感中心、 科技部科技經費監管服務中心、中國國際核聚變能源計劃實施中心、中國科技發展戰略研究院、中國科技交流中心(中日技術合作事務中心)、科技部海峽兩岸科技交流中心、科技部上海培訓中心、中國21世紀議程管理中心、國家科技基礎條件平臺中心、科技部科技評估中心、國家科技風險發展中心主辦，科技日報社承辦。