(1)辦公室。
負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、信訪、議案、建議、提案、安全、保密、政府信息公開、電子政務、機關財務和資產管理等工作；承辦重要事項的組織和監督。
(2)政策法規和體制改革司。
負責推進依法行政的全面工作；起草科技方面的地方性法規草案和政府規章草案；
負責行政執法的監督、指導和協調；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作；
會同有關方面推進科技創新體系建設和改革，制定促進產學研結合和科技領域知識產權創造的政策措施；
根據需要承擔相關科研機構設置和調整的審查工作；
負責北京市科技研發機構的認定和科技類民辦非企業單位的業務審核。
(3)發展規劃辦公室。
研究提出本市科技發展的布局和優先發展領域，組織制定科技發展中長期和年度規劃；
對科技計劃的協調、綜合平衡和資金分配提出建議；會同有關方面提出重大創新基地的規劃建議；
制定科技成果和科技項目管理的政策措施；
負責本市科學技術獎勵的組織實施和科技統計、科技信息、科技期刊的管理；
會同有關方面組織技術出口和技術進口。
(4)重大專項辦公室。
會同有關方面制定本市重大科技項目實施辦法，審查實施方案，協調解決重大問題，組織評估驗收；
承擔國家重大科技項目對接的相關協調工作；負責重大科技需求的調研；
承擔科技北京建設和科教相關工作。
(5)有條件的財務部。
提出本市科研條件保障的規劃和政策建議，促進科研條件平臺建設和科技資源共享；
會同有關方面提出合理配置科技資源的政策建議；
參與技術和金融的推廣；
編制部門預算中科技經費的預決算，並監督預算的執行；
參與制定科技經費管理辦法；
監督和指導下屬單位的財務和國有資產管理。
(6)高新技術產業化部。
擬訂本市相關領域高新技術發展和產業化的科技規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研究發展計劃和政策性科技計劃；承擔中關村國家自主創新示範區建設的相關工作；推進科技創新創業服務體系建設；促進科技成果轉化，提升企業技術創新能力；推動科技服務業和文化創意產業發展；負責高新技術產業孵化基地和高新技術企業及自主創新產品的認定；指導技術市場的管理。
(7)先進制造與自動化系。
擬定本市先進制造技術、信息技術、新材料、空間技術等領域的科技發展規劃和政策；
組織實施相關領域的高技術研發計劃；負責組織推進重點實驗室(基地)建設；
促進相關領域科技服務的發展。
(8)生物醫學系。
擬訂本市生物工程、新醫藥產業、醫療衛生、食品安全等領域的科技發展規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研發計劃；制定實驗動物管理的政策和措施；
負責實驗動物的安全監管；負責組織推進相關領域重點實驗室(基地)建設；促進相關領域科技服務業的發展；承擔生物工程和新醫藥產業的科技工作。
(9)農村科技發展部。
制定本市科技促進農村發展的規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研發計劃；負責組織推進相關領域重點實驗室(基地)建設；促進相關領域科技服務業的發展；促進農村科技進步；指導相關重大科技成果的應用示範；指導農業科技園區的相關工作。
⑽社會發展部。
擬定本市社會發展領域的科技發展規劃和政策；組織實施高新技術研究開發計劃；負責組織推進相關領域重點實驗室(基地)建設；促進科技服務業的發展；推動新能源和節能環保產業發展；促進科學技術對城市建設和管理的支持；指導可持續發展實驗區的建設和發展。
(十壹)科技宣傳與軟科學處(北京市人民政府專家咨詢組辦公室)。
負責全市科普工作，制定科普工作的規劃和政策；負責科技宣傳和新聞發布；負責軟科學研究；承擔市政府專家咨詢組的相關工作；起草綜合性文稿，編纂地方誌和年鑒。
(12)國際科技合作辦公室。
組織制定本市國際科技合作與交流的政策；組織實施國際科技合作與交流計劃；負責在北京舉辦雙邊國際科技學術會議，在國外舉辦科技展覽，按規定邀請外國人員來華開展科技活動；開展與港澳臺的科技合作與交流；負責機關及所屬單位的外事工作。
(13)人事教育司。
負責機關及所屬單位的人事、組織和離退休工作；會同有關方面制定本市科技人才隊伍建設的政策措施；負責自然科學研究系列專業技術職務任職資格評審；組織實施科技新星計劃。
機關黨委負責機關及所屬單位的黨群工作。
工會負責機關及下屬單位的工會工作。
紀檢監察機構
按有關規定進駐。