辦公室
主要職責：負責本機關的政務工作；負責公文處理、信息、議案、建議、提案和信訪、檔案、保密工作，以及重要會議、活動的組織工作；負責重要文件和會議決定事項的督查工作；負責機關聯絡接待、服務保障、安全保衛等工作；負責機關信息化建設工作。
產業發展促進處
主要職責：研究和擬訂園區產業規劃和政策並組織實施；督促落實發展園區高新技術企業的各項政策；促進重大科技成果產業化；扶持高新技術企業做強做大。
自主創新能力建設處
主要職責：研究和擬訂園區自主創新能力建設及戰略性新興產業培育的規劃、政策並組織實施；推動園區產業技術聯盟的組建和發展；推動關鍵技術的示範應用；建設園區技術創新服務體系；促進園區科技基礎設施建設；協調園區知識產權保護和促進工作，推動園區技術標準創新工作。
規劃建設協調處
主要職責：研究制訂園區發展規劃並協調組織實施；參與組織編制園區的空間規劃、土地利用規劃和生態規劃等工作；負責園區重大建設項目信息的收集和分析。
科技金融處
主要職責：負責研究提出園區投融資體系建設方案；研究分析園區投融資發展狀況，並提出政策建議，搭建園區投融資政策平臺；推動園區企業的股權交易和上市融資工作；組織協調投融資機構為園區產業發展提供支持，發展適合園區企業的多種融資方式，促進科技與金融的結合；促進園區信用體系建設工作。
人才資源處
主要職責：研究擬訂園區人才資源發展戰略規劃；研究擬訂園區培養、吸引、使用人才等方面的有關政策，並協調組織實施；建立健全人才資源的服務體系，優化園區人才發展環境。
創業服務處
主要職責：研究擬訂園區創業服務體系的發展規劃，提出創業服務政策措施並組織實施；促進大學科技園、孵化器、行業協會和社會中介組織建設，搭建創業服務平臺；整合園區創業服務資源，完善園區創業服務體系和環境。
經濟分析處
主要職責：協助統計主管部門開展園區統計調查工作；配合統計主管部門建立健全園區經濟運行、重點產業評測及預測預警系統；跟蹤分析國內外相關地區和相關產業發展情況；利用統計資料開展統計分析工作，為園區發展提供服務。
國際交流合作處
主要職責：負責園區的國際交流與合作工作；負責園區派遣人員因公臨時出國（境）和邀請外國經貿科技人員來華事項的審批工作；負責園區駐海外聯絡處的建設、聯絡和管理工作。
研究室（法制處）
主要職責：研究擬訂園區發展規劃；承擔園區體制和機制創新及其配套改革措施的研究工作；組織研究園區發展建設中的重大問題，並提出相關對策、建議；起草有關地方性法規草案、政府規章草案及配套文件；組織有關地方誌、年鑒的編纂工作。
宣傳處
主要職責：負責園區宣傳工作，制定園區宣傳方案並組織實施；組織園區新聞發布會；組織園區重要活動、重要工作的新聞報道工作。
財務處
主要職責：負責園區發展專項資金預算編制和管理工作；協助有關部門監督專項資金的管理使用；負責園區的建設與發展專項資金的內部審計工作；負責本機關的財務工作；配合財稅部門開展園區財政稅收政策的研究和落實工作；承擔北京中關村發展集團股份有限公司國有資產監督管理工作。
監察處
主要職責：履行派駐紀檢監察機構職責。
人事處
主要職責：負責機關及所屬單位的幹部人事、機構編制、教育培訓及退休人員的管理服務工作。
機關黨委
主要職責：負責本機關及所屬事業單位的黨群工作。