1、當事人提出專利申請；
2、國務院專利行政部門收到發明專利申請後十八個月內，進行初步審核，符合要求的，即行公布；
3、發明專利申請自申請日起三年內，對於通過實質審核的，發給發明專利證書。
所需材料以及具體流程：
（壹）需要提供以下內容：
1.藥方的組成，各個組分的含量;
2.藥物的制備方法;
3.藥物的使用方法和有效劑量;
4.藥效學試驗報告，臨床試驗總結;
溫馨提示：藥方不建議申請專利。
（二）方法/步驟：
1.提交申請
申請人確認專利文件後，當天向國家知識產權局提交申請，次日返還專利申請文件副本壹份、專利號。
2.專利申請受理
約7個工作日國家知識產權局發《專利申請受理通知書》、《專利申請繳費通知書》或《費用減緩審批通知書》，收到受理通知書之日起2個月內繳納申請費。
3.專利申請初步審查
國家知識產權局收到發明專利申請後，需經初步審查。在初步審查合格之後，自申請日起滿18個月，即行公布。專利局也可以根據申請人的請求早日公布其申請。初步審查主要核查：①申請文件是否齊備;②形式上是否符合標準;③費用是否繳納。在初步審查中，專利局會針對以上事項發出補正通知書，由申請人進行補正。
4.專利申請實質審查
發明申請公開之後，專利局在收到申請人的實質審查請求的情況下，啟動實質審查。審查員發出審查意見通知書，在通知書對發明專利申請的新穎性、創造性、實用性等做出評價，並且指出申請文件中的實質缺陷。
5.專利申請授權
授權後國家知識產權局發《授予發明專利權通知書》、《辦理登記手續通知書》，申請人授權通知書後2個月內繳納授權登記費、第1年年費。
6.專利申請發證
申請人在接到授予專利權通知書之後，需要辦理登記手續。申請人應當在規定的期限內繳納專利登記費、授權當年的年費、公告印刷費，同時還應當繳納專利證書印花稅。申請人在辦理登記手續之後即可獲得專利證書。
法律依據
《中華人民***和國專利法》
第三十七條
國務院專利行政部門對發明專利申請進行實質審查後，認為不符合本法規定的，應當通知申請人，要求其在指定的期限內陳述意見，或者對其申請進行修改；無正當理由逾期不答復的，該申請即被視為撤回。
第三十九條
發明專利申請經實質審查沒有發現駁回理由的，由國務院專利行政部門作出授予發明專利權的決定，發給發明專利證書，同時予以登記和公告。發明專利權自公告之日起生效。