申請種子經營許可證應向審核機關提交以下材料：
（1）農作物種子經營許可證申請表；（2）驗資報告或者申請之日前1年內的年度會計報表及中介機構審計報告等註冊資本和固定資產證明材料復印件；申請單位性質，資本構成等基本情況證明材料；
（3）種子檢驗、加工等設施設備清單和購置發票復印件；種子檢驗室、加工廠房、倉庫的產權證明復印件；曬場的產權證明（或租賃協議）復印件，或者種子幹燥設施設備的產權證明復印件；計量檢定機構出具的涉及計量的檢驗、包裝設備檢定證書復印件；相關設施設備的情況說明及實景照片；
（4）種子檢驗、加工、貯藏等有關技術人員的資質證明和勞動合同復印件；
（5）農業部規定的其他材料。
實行選育、生產、經營相結合的公司，申請農業部核發農作物種子經營許可證的，還應當提交下列材料：
（1）育種機構情況說明；科研育種設施設備的自有產權證明復印件及實景照片；科研育種和品種試驗用地5年以上流轉協議復印件；
（2）育種人員的職稱（或學歷）證明材料及勞動合同復印件；
（3）申請之日前3年的年度會計報表及中介機構審計報告復印件；
（4）品種審定證書或者植物新品種權證書復印件，具有品種自主生產經營權的證明；申請之日前3年申請許可作物的種子經營量、經營額及占全國市場份額的說明及相關證明；自主知識產權品種的種子經營量、經營額說明及相關證明；
（5）申請之日前3年的種子生產基地證明材料，包括制種地點（具體到村）、制種面積、基地村（組）聯系人和受委托制種人電話表，以及10份制種合同的復印件，或者土地流轉協議復印件；
（6）健全的售後服務體系證明材料，包括售後服務制度和售後服務網絡建設情況等；
（7）有效期屆滿前重新申請的，還應當提供原種子經營許可證有效期內種子生產經營和科研育種情況的證明材料。
申請從事轉基因業務的農作物種子經營經營許可證的，還應提供專職管理人員的證明、擬經營品種的審定證書、農業轉基因生物安全證書、安全管理和防範措施的情況介紹等材料。
設立中外合資種子企業的，還應向審核機關提交下列材料：
（1）設立外商投資農作物種子企業申請書；
（2）項目建議書和可行性研究報告的批準文件；
（3）設立外商投資種子企業的合同、章程；
（4）合同、章程的批準文件及審批部門頒發的《外商投資企業批準證書》；
（5）外商投資農作物種子企業董事會成員名單及各方董事委派書；
（6）其他應提交的證書、文件。
審核機關收到申請材料之日起20日內完成審核工作。審核時應當對經營場所、加工倉儲設施、檢驗設施和儀器設備進行實地考察並查驗有關證明材料原件。具備條件的，簽署審核意見，上報核發機關；審核不予通過的，書面通知申請人並說明原因。
核發機關應在收到審核意見之日起20日內完成核發工作。對符合條件的，發給種子經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並說明原因。核發機關認為有必要的，可進行實地考察。