1.直接通過印度尼西亞當地的商標主管機構辦理，而現今主管印度尼西亞商標申請、審查、授權的機構是印度尼西亞知識產權局；
2.作為《馬德裏議定書》的純締約方的印度尼西亞，其商標的註冊，也可以通過馬德裏商標國際註冊指定印度尼西亞為保護國的方式來辦理；
印度尼西亞商標註冊流程
1.商標查詢：確認申請商標不會與印度尼西亞現有的正在申請或已註冊商標有結構上的近似或相同情況；
2.提交申請：將申請所需文件提交至印度尼西亞知識產權局，辦理相關的商標註冊申請手續；
3.形式審查：印度尼西亞知識產權局在收到商標申請後，會對提交上來的申請文件是否規範進行審查；
4.實質審查：形式審查之後，印度尼西亞知識產權局還會對提交上來的申請商標是否符合基本註冊要求進行審查；
5.商標公告：經審查，被印度尼西亞知識產權局認為能夠註冊的商標，將會在印度尼西亞官方平臺上進行公告，讓公眾對此進行評判異議；
6.核準註冊：公告期內，商標無人異議，或異議不成立，那麽該商標的註冊將會被印度尼西亞知識產權局核準。