第壹，保障範圍不同。專利的客體只能是壹個完整的、能在行業內應用的技術方案。沒有完成的技術方案或者失敗的技術方案是不能申請專利的，但這些都是商業秘密。第二，兩者的本質要素不同。專利的本質要求很高，技術信息只要符合保密、機密、有價值就需要受到商業秘密的保護，相對低於專利。第三，保障成本不同。1.它們的經濟成本是不同的。專利是由有關各方申請並由國家授權的權利。當事人需要繳納專利申請費和年度專利維持費，而商業秘密不需要向國家繳納任何費用。2.從時間成本來說，專利申請需要很長時間，而商業秘密不需要。3.在技術成本上，專利權人必須公開他的技術，並且可以由他所在領域的技術人員實現，而商業秘密持有人不公開他的技術。第四，兩者保護不同。1.專利保護是壹種強有力的保護。專利權人對其發明創造享有制造、使用、銷售、許諾銷售和進口的專有權利，不論他人是否模仿或者獨立開發同樣的發明創造；商業秘密是壹種弱保護，權利人只能禁止他人違反保密義務或者以其他不正當手段獲取、披露、使用相關商業秘密信息。不可能禁止他人通過合法途徑獲取和使用相關秘密信息。2.侵犯商業秘密權和專利權時，權利人的舉證責任不同，確定專利保護範圍，商業秘密需要權利人自己舉證。3.兩者的保護期限不同:專利的保護有期限，而商業秘密權沒有期限。只要該信息仍然具有商業秘密的基本要素，它就可以作為商業秘密受到保護。
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