1、是否進行了基因工程改造
轉基因玉米屬於轉基因作物，通過現代分子生物學技術，對特定的玉米株系進行了基因工程改造，使其表達農業上所需要的性狀，包括對害蟲的抗性和對除草劑的忍耐性。而普通玉米則未使用基因生物改造技術。
2、是否包含轉基因成分
在歐盟只要某食品中的轉基因成分總量不超過0.9%，這個食品就不需要標註為轉基因食品，因此在歐盟轉基因玉米與常規玉米的區別在於包含的轉基因成分總量，而在我國，只要在玉米中檢測到轉基因成分，該食品就必須要標註為轉基因玉米，而不含轉基因成分的才是常規玉米。
3、帶來的爭議不同
轉基因食品包括轉基因玉米由於其包含的外源基因，引發人們對於健康問題、環境問題、倫理問題和國家安全的爭議。而常規玉米則主要是由於其遭遇的病蟲草害等外來威脅造成爭議。
擴展資料
我國轉基因玉米面臨三大挑戰
1、知識產權
在功能基因挖掘和轉化方法方面，我國獲得實質授權的知識產權不多。因為國外在申請專利時往往采取“轉化體”式的捆綁式申請方式，即我國開發出的轉基因玉米育種材料，其使用的基因序列與轉化方法都可能會不同程度地侵犯到國外專利，無法真正實現擁有完全知識產權。
2、消費者的接受程度
由於科普工作的滯後，國內消費者對轉基因的認知和接受度都很低。消費者的接受程度和種植者的利益緊密相關,是影響轉基因玉米產業化的重要因素。
3、管理和審批
我國相對比較繁瑣的轉基因作物商業化審批程序、原有的法律法規的可操作性以及生產應用安全證書和品種審定證書渠道的不通暢等，都嚴重制約了轉基因玉米的產業化。
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