曹和平教授主要研究方向為發展經濟學和發展金融理論，所提出的許多理論都開中國經濟研究之先。十余年來，他先後提出“建置經濟”及“中國崛起”概念，創新信息經濟學理論，發展定價經濟理論，構建中國產權交易理論體系，創立長鏈金融理論，創建市場三商理論，這些理論都壹時成為中國經濟理論研究與實踐的熱點，他是個不斷創新的經濟學家。 他不僅創造性地提出經濟學理論，還將這些理論運到實踐中，近年來先後主持完成中國要素市場發展建設、產業集群城市化及第三方市場構建、園區產業規劃及投融資平臺構建等項目數十項，受聘擔任全國許多省、市的經濟顧問和金融顧問以及知名企業的首席經濟學家， 是理論與實踐聯系最為緊密的經濟學家。 其主要理論成就有：
提出“建置經濟”概念（2004）
曹和平教授2002年回國之後，開始潛心研究中國的經濟問題。通過研究他發現，“封建經濟”是個含混的說法，西方歷史上“分封經濟”和中國古代的“建置經濟”有著模型基本前提的差別。他認為，中國的“建置經濟”形式有自己的內在生命力，並在 2004年第5期《經濟研究》上發表《中國建置經濟制度的歷史傳承與當代競爭》，通過嚴格的數學邏輯提出了中國崛起的學術概念，成為提出“建置經濟”及“中國崛起”概念的第壹人。該論文入選2012年5月出版的《北京大學經濟學院優秀學術論文選編（2000-2011）》。
創新信息經濟學理論（2005）
21世紀第壹個十年末期，信息經濟學開始在中國受到追捧，但尚未形成壹個學科體系。曹和平教授敏銳地看到了信息經濟學在發展過程中的缺陷，提出了“信息租是對信息不對稱狀態的量綱化”，就像效用概念是對理性人概念的量綱化壹樣。這是壹個創新性的觀點。他在《信息租問題探析》（《北京大學學報·哲學社會科學版》，2005年第3期，85-93頁） 和《“二次成長階段”跨國企業集群的行為特征與規制途徑》（《中國社會科學》，2006年第5期，77-85頁） 兩篇論文中對這壹觀點進行了闡述和論證。
信息租在中國的提出給了很多解決實際問題的辦法，曹和平教授率先用它來解釋跨國企業集團行為特征。作為壹個整體, 跨國企業集團在已經越過中國經濟的“入門”規範, 經過技術及供應鏈管理的本土性適應, 進入了市場拓展後的高速成長期, 即跨國企業集團在中國的“二次成長階段”。與初期階段相比, 跨國企業集團的“二次成長階段”有其自身的行為特征, 也是發達經濟與發展中經濟對接的世界性實驗場所。鑒於此，曹和平教授指出，跨國企業集團用網資源來追求利潤的行為特征背後有著重要的市場行為機理：可以獲取與普通利潤不同的另壹種報酬——信息租。核心技術屏蔽、專利費用制度、品牌營銷戰略等都深含著以其為工具尋租的內容。跨國企業集團在“二次成長階段”運用綜合網來支持品牌營銷的目的, 也就在於通過尋找信息不對稱而獲得租金。在合約意義上, 跨國企業集團通過市場建網獲取高收益有其壹定的正當性。跨國企業集團通過技術進步和管理創新來尋求市場建網付出了壹定的成本，通過“銷售—購買”合約來尋求發明和創新成本補償並獲得適當高利潤應作為激勵來理解。但是市場建網完成後, 網資源的自然壟斷性使其替代成本奇高，萊納加價過程可能使上述合約執行轉向效益損失；利用綜合營銷網和品牌優勢獲取信息租可能走向過度。
曹和平教授用信息租的觀點揭露了跨國公司的獲利內幕。跨國企業集團的信息尋租是通過非壟斷的市場競爭途徑來實現的。它先是通過知識邊界的突破來獲得優勢信息地位, 然後通過屏蔽信息、壟斷資源來獲取租金。前者在收取合適的知識產權報酬的同時, 為社會提供的正的外部性（所謂外部性，是指壹個人在自己的生產和消費活動中產生了壹種對他人的影響，如果是好的影響，就叫正的外部性，或者叫外部經濟性，如果是不好的影響，就叫負的外部性，或者叫外部不經濟性），大於社會付出的支付成本；後者則造成了維護網資源的成本消耗。
發展定價經濟理論（2006）
在中國，曹和平教授 率先提出“定價經濟”概念。在2006年10月29日由中國經濟體制改革研究會和南京財經大學金融學院主辦的“國際高級金融與經濟論壇”上，作了題為“泛金融產業與定價經濟形成”的主題演講，第壹次提出“定價經濟”概念。隨後，在同年12月9日舉辦的“第三屆中國經濟增長與經濟安全戰略論壇”上，作了題為“金融創新與定價經濟形成”的主題演講。曹和平教授認為，存在壓低消費者需求價格彈性能力（萊納加價原則）的經濟成分往往具備定價能力，由銀行、證券、期貨、保險等泛金融產業群和由物流采購、供應鏈管理、整合信息技術等後車間經濟產業群相結合的經濟，往往具備全方位的定價能力，這就是定價經濟 。
在經濟全球化分工的今天，爭奪商品定價權的戰略選擇在於中國經濟的未來定位是以傳統制造業群為主——走向“藍領”經濟，還是以數字庫為基礎的信息處理先進產業主導傳統產業群——走向數字和信息處理經濟。選擇前者的戰略後果是將中國的產業群納入到世界產業鏈條的“生產車間”低端；選擇後者的戰略可能將中國產業的發展和過去15年來世界產業的新壹輪結構變遷契合，走向人均收入與產業發展並進的指數與信息經濟時代。完成這壹偉大的歷史轉變，要求中國的戰略選擇進行重大調整，大力發展現代“銀行—證券—期貨—保險—指數類金融衍品”產業群，亦即“長鏈金融”，使中國由世界的“生產車間”向“定價中心”發展，使中國的經濟未來定位和世界經濟發展趨勢相壹致，走向世界經濟的前列。
構建中國產權交易理論體系（2006）
2006年起主要從事中國金融發展——中國產權與私募股權市場研究。2006年以後，與美國伯克利大學布朗·懷特（Brian Wright）教授***同參加2001年諾貝爾經濟學將得主約瑟夫·斯蒂格利茨（Joseph Stiglitz）主持的“中國行動小組”研究，主持“中國經濟增長新制度設計模型”部分，後演化成中國產權市場發展研究。多年來，走遍大江南北，調研了全國大部分省級產權交易機構， 參與指導和規劃創建了多個產權交易所、大宗商品交易所和特種商品交易所，是中國產權交易理論體系的主要創建者。所主編的中國資本市場的研究專著《產權市場藍皮書：中國產權市場發展報告》及《私募股權市場藍皮書：中國私募股權市場發展報告》自2009年起連年出版，在業界起到了政策解讀、案例分析和發展研究的引領作用。
創立長鏈金融理論（2010）
21世紀頭十年，曹和平教授長期從事供應鏈管理及供應鏈金融研究，後來他把這壹研究衍生為“長鏈金融”研究。 自2010年年底起，在多次演講及著述中談及“長鏈金融”概念，提出長鏈金融理論 。
曹和平教授認為，我國的產業長鏈已經達到了世界規模，保守估計，2012年中國生產了全世界35%左右的物質產品。但是，我國的市場長鏈十分短缺，這導致我國物資產品份額巨大，卻不能得到相應的收益。通俗點說，我國生產了世界35%的產品，卻只得到了10%的報酬。 市場長鏈的短缺，並不意味著我國市場規模小。我國大宗類和特宗類市場達到1萬家，除開上證所、深交所等交易所外，還有300家大宗類商品交易所、500家產權類交易所。不過，雖然數量眾多，卻多為宋朝式的商鋪集聚。 這正映射了我國國民經濟發展的現狀——資金在實體業不活躍，但在銀行業體系內部倒是流動非常好——這並非壹個好現象。要解決我國市場長鏈的缺失問題，必須要從金融業的發展階段著手，否則，市場長鏈將永遠停留在宋朝式商鋪集聚、場外貿易階段。
金融業發展的第壹階段是工商企業信貸金融。商業銀行及其關聯的金融機構、國有銀行、證券期貨、保險都做工商企業信貸金融，在這個金融階段，信貸效用是相對受限的。第二階段是產業鏈金融。以產業園區發展為例，壹家商業銀行牽頭，和另外幾家商業銀行壹起對產業園區中的多家企業進行授信，即在某壹個產業鏈上的金融機構對商業實體授信。我國的產業鏈金融還處於起步階段。第三階段是中介類金融。即把信貸、評估、授信、增級、擔保、托管、置換等納入廣義現代金融業鏈條中。目前國內中介類的金融機構，特別是非銀行類的現代金融機構中介數量太少，且發展過程中受限太多。未來15年間，如果有壹家非銀行類金融機構的動員信用能力超過傳統銀行，其實壹點都不意外。馬雲在這方面已經取得了壹定進步，雖然支付寶和阿裏金融動員信用的方式尚處於低級階段，但它已然對傳統銀行業造成沖擊。第四個階段是雙邊市場向第三方市場過渡的時期，可以稱之為交易所金融。 第五階段，則是定價和流程數據庫形成的金融。 曹和平教授認為，在這五個階段的發展過程中，金融業的逐漸發展和完善將彌補市場長鏈的缺失，形成經濟發展的增長極。同時，市場長鏈的形成，將促進我國產業長鏈的優勢發揮效用。金融市場的不斷完善，能夠將資金流更加高效、準確地引導至國民經濟發展中，並為中國經濟發展提供新的內生動力。
創建市場三商理論（2011）
2011年起，開始提出並創建“市場三商理論”，並用市場三商理論指導中國產權市場、私募股權市場及地方資本市場建設。 曹和平教授指出，市場三商是指做市商、成市商和價格收斂商。其功能可以這樣來描述，給定物理邊界、信息披露機制、交易規則以及準入退出法變量的前提下，做市商是讓場內（第三方市場內）的交頭活躍的中介；成市商是將場外業務導入場內的中介；價格收斂商是將交易成本（比如結算成本）降低從而使價格走向收斂的中介。三商合在壹起，壹個超越雙邊交易實點（物流批發市場是典型），超越宋朝式的商鋪集聚（廣州中大布料市場是範例），超越實點OTC市場（我國大宗商品交易市場）的第三方市場——交易所經濟出現了。如果做市商的數量級是1，則成市商的數量級是10，而價格收斂商的數量級則是1000。三商合在壹起，地方資本市場才能超越雙邊業務走向繁榮 。