海關檢查主要看跟報關的資料是否壹致，品名、數量、申報貨值等信息，是否有騙稅、逃商檢、HS編碼歸類不正確，海關查驗不收錢，但是因為是在港區進行查驗的，港區要負責拆箱、裝卸、封子等，所以要付給港區錢。其實海關檢查很少碰到的，壹般海關是直接核對箱單發票的，除非在過機檢查中出現安全警報的貨物，那這壹批就肯定會被海關要求檢查的。
若是在進出口貨物中發現假冒，仿造的品牌產品，海關有權對這些假冒偽劣產品進行沒收，罰款，品牌方也會因此而投訴，惹上官司，企業信用等級掉級，嚴重時很有可能被吊銷營業執照。
《中華人民***和國知識產權海關保護條例》
第三十三條 對沒收的侵權貨物，海關應當按照下列規定處置：
（壹）有關貨物可以直接用於社會公益事業或者知識產權權利人有收購意願的，將貨物轉交給有關公益機構用於社會公益事業或者有償轉讓給知識產權權利人；
（二）有關貨物不能按照第（壹）項的規定處置且侵權特征能夠消除的，在消除侵權特征後依法拍賣。拍賣貨物所得款項上交國庫；
（三）有關貨物不能按照第（壹）、（二）項規定處置的，應當予以銷毀。
海關拍賣侵權貨物，應當事先征求有關知識產權權利人的意見。海關銷毀侵權貨物，知識產權權利人應當提供必要的協助。有關公益機構將海關沒收的侵權貨物用於社會公益事業以及知識產權權利人接受海關委托銷毀侵權貨物的，海關應當進行必要的監督。
第三十四條 海關協助人民法院扣押侵權嫌疑貨物或者放行被扣留貨物的，知識產權權利人應當支付貨物在海關扣留期間的倉儲、保管和處置等費用。
海關沒收侵權貨物的，知識產權權利人應當按照貨物在海關扣留後的實際存儲時間支付倉儲、保管和處置等費用。但海關自沒收侵權貨物的決定送達收發貨人之日起3個月內不能完成貨物處置，且非因收發貨人申請行政復議、提起行政訴訟或者貨物處置方面的其他特殊原因導致的，知識產權權利人不需支付3個月後的有關費用。
海關按照本辦法第三十三條第壹款第（二）項的規定拍賣侵權貨物的，拍賣費用的支出按照有關規定辦理。