建立以企業為主體的創新體系，並不意味著政府從此“放手”不管，關鍵是要處理政府主導和市場機制的關系。在當前市場機制還不夠完善、核心技術和關鍵技術急需發展的情況下，應強調政府的主導作用，發揮政府在加強科技宏觀管理、政策支持、培育市場、營造有利於科技創新和人才成長的發展環境方面的支持作用。同時引入市場競爭機制，作為開展技術創新的重要動力，堅持以市場為導向，有效整合科技資源，激發創新體系中各種要素的創新活力。
王殿甫說，單個企業的研發實力不足，可以通過政府的政策調控，在壹定程度上加以彌補。他舉例說，彩色模擬電視興起時，國內電視企業與索尼、松下等企業的研發實力“不可同日而語”，但依靠集體的力量，中國掌握了彩色模擬電視的部分核心技術，到20世紀90年代初部分電視生產線已經實現了國產化。
今後，對涉及電子信息產業發展全局的關鍵、核心技術，同樣要舉全國之力，才能取得原創性突破。技術創新活動是壹根完整的鏈條，這壹“創新鏈”包括哪些內容呢？分析人士認為，孵化器、公***研發平臺、風險投資、圍繞創新形成的產業鏈、產權交易、法律服務、物流平臺等等，是這個“鏈條”的重要環節。
專家指出，推動以企業為主體的產業技術創新體系建設，要圍繞技術研發、專利、知識產權以及標準等，構建壹整套的產業機制架構。包括圍繞產業重大應用和關鍵技術突破，形成壹系列以企業為主、科研機構和院校等***同參與的技術聯盟；推動和完善以企業為主體制定標準的工作體系，加快第三代移動通信、數字電視、下壹代網絡、寬帶無線移動通信技術等對產業發展具有重大影響的技術標準研制。
倪光南認為，政府主導並不等於政府“唱主角”，而是意味著政府主要職責從“唱戲”變成了“搭臺”，從組織技術創新變成了完善創新環境。“863計劃”計算機主題專家組組長懷進鵬說，政府在支持企業自主創新上單純給錢設項目是遠遠不夠的，重要的是努力營造寬松的創新環境，讓整個創新鏈完整起來、活躍起來。確切地說，政府的科技投入和政策設計，應該圍繞整個創新鏈的薄弱環節來有目的地布置力量，讓企業內生的創新力量順暢高速地流動起來。