第壹，對創新型產業集群的認識還很模糊。雖然產業集群是產業發展的基本規律，但我國直到近些年來才普遍運用產業集群這個概念，許多人對產業集群特別是創新型產業集群的認識還較模糊。
例如，壹些人將產業集群理解為產業集中或產業聚集或產業鏈等，將創新型產業集群單純理解為以高新技術產業為主的集群。同時，壹些地方對發展產業集群存在不少誤區，如將發展主導產業(或支柱產業)等同於發展產業集群；將發展工業園區簡單等同於發展產業集群，“鄉鄉建區”、“鎮鎮辦園”，過分強調產業的地理集中；有的地方不顧當地的條件，過分強調打造(或拉長或延伸)“產業鏈”，硬搞產業“成龍配套”，導致“大而全”或“小而全”；過分依賴大企業或大項目發展產業集群，忽視中小企業在產業集群形成中的主要作用；重視“七通壹平”、基礎設施等硬環境建設，忽視文化交流等軟環境建設。
第二，創新型產業集群發展的制度環境不完善。產業集群的發展離不開制度環境的支撐，創新型產業集群的發展還需要政府的適當引導。雖然近年來我國創新型產業集群得到了長足發展，但總的來看，創新型產業集群發展的制度環境還不完善。
這主要體現在：有關的法規不健全；鼓勵發展創新型產業集群的政策還很缺乏；政府職能轉變滯後，“缺位”與“越位”並存，公***服務不夠；行業協會等非政府組織發育緩慢；知識產權保護乏力，產權信用環境較差；金融擔保機構、教育機構和中介服務機構不足；僵硬的行政區劃不利於生產要素大範圍流動和聚集等。
第三，壹些創新型產業集群產業層次和附加值偏低。由於我國許多創新型產業集群尚處於形成初期，主要依靠低成本戰略來形成競爭優勢，因此創新型產業集群普遍存在產業層次和產品附加值偏低的問題。
例如，壹些集群中企業產品的技術和知識含量偏低，高附加值產業和產品不夠；低附加值產業集群較多，高新技術產業集群較少；自主創新能力弱，集群大而不強，抽樣調查表明珠三角地區自主研發的企業比例還不到40%，多數企業沒有核心技術；作為技術創新基礎的勞動力技能較低，在壹些制造業集群中甚至出現了嚴重的“技工荒”；因受保守型傳統文化的約束，集群內企業的創新意識不夠，人才流動性較低。
第四，壹些創新型產業集群的分工協作水平較低。創新型產業集群本是分工協作不斷深化的壹種重要表現形式，但由於受市場制度不完善和信用環境較差的影響，許多地方創新型產業集群的分工協作水平較低，不能適應發展的需要，表現在集群內企業外包意識差，產業鏈不完善。
深圳有家具、鐘表、服裝、機械、鞋業、工藝六個傳統產業集群，都具有相當的經濟規模，但多數產成品及其零部件在單壹企業內部完成，配套企業吃不飽；集群內同類企業惡性競爭，相互壓價，開展合作和聯合較為困難，沒有形成相互支撐、相互依存的專業化分工協作產業網絡；壹些創新型產業集群臨近大學或研究機構，但由於缺乏良好的合作機制和合作氛圍，除了中關村等少數高校區外，這些大學或科研機構並未較好地成為產業集群創新的重要源泉。