物流成本壹般為總成本的30%～40%，但是中國跨境電商的物流成本則更高。由於涉及跨境貿易和跨境物流，物流的產業鏈和環節更長，包括國內物流、國內海關、國際運輸、國外海關、國外物流等多個環節，尤其是海關和商檢，操作難度和風險更高，無形中增加了中國跨境電商的物流成本。
（二）運輸及配送周期長
根據Focalprice的客戶滿意度調查，發現客戶對跨境電商最大的抱怨集中在物流方面，而物流周期長又是客戶抱怨的重點。跨境貿易自身的特點使得物流的產業鏈和環節更長，加上清關和商檢的周期，導致中國跨境電商物流周期要遠遠長於國內電商物流。在跨境物流上，運輸與配送時間問題突出，短則半個月壹個月，長則數個月，遇到購物旺季，如聖誕節，物流時間會更久。許多電商止步於物流配送，加上清關和商檢的時間，跨境物流的周期則更久，這已成為制約中國跨境電商發展的壹道屏障。
（三）政治、文化、法律、海關等風險
依據波特的PEST模型，政治環境和社會環境的影響頗深。跨境電商涉及跨國交易，無法回避當地的政治、知識產權、區域習慣、政策變化等因素。烏克蘭政變、越南政局動蕩、巴西高賦稅高福利、伊斯蘭國家宗教信仰、東南亞排外政策和地方保護主義等諸多因素，對中國跨境電商物流都會產生較深的影響。
（四）匯率風險
跨境貿易涉及到匯率兌換的問題。當壹國貨幣貶值或升值時，稅率就會發生變化，從而間接導致跨境電商利潤的縮減。以盧布為例，自2013年起，盧布對美元和人民幣的匯率下降，貨幣持續貶值。中國跨境電商在網上交易時用盧布結算，回款卻是人民幣，因為盧布的持續貶值，導致從事對俄業務的中國跨境電商利潤下滑。
（五）退換貨物流難以實現
中國跨境電商物流環節多、涉及面廣，整個物流鏈條的各節點都會產生退換貨物流，退換貨也是困擾跨境電商的壹大難題。電子商務的自身特點導致退換貨比例高，物流周期長、貨品質量問題、貨品的丟失、海關和商檢的風險、配送地址的錯誤等壹系列問題，都導致了退換貨物流的產生。尤其在歐美發達國家，當地“無理由退貨”的消費習慣和文化，使得中國跨境電商的退換貨率呈現持續增長趨勢。由於涉及跨境通關和物流，退換貨很難有壹個順暢的通道返回國內，各種相關成本的增加，甚至出現由退換貨導致的費用嚴重超出貨品的價值，這是中國跨境電商無法接受的，從而出現難以實現退換貨的現象。
五、對策建議
2013年是中國跨境電商元年。經過壹年多的發展，中國跨境電商市場初步成形。伴隨市場規模的不斷擴大、政府相關政策的逐步完善，未來幾年將迎來中國跨境電商發展的黃金期。電商和物流相伴***生，跨境電商物流問題也不斷湧現，嚴重影響和制約著中國跨境電商的發展。為了應對諸多物流問題，不少中國跨境電商紛紛涉足海外倉業務。通過在海外設立倉庫，可以有效地解決中國跨境電商所遇到的諸多物流問題。