2018年5月30日，在建13號線華鵬路站至東明路站區間的兩段列車鋼軌接頭被順利焊接在壹起，這標誌著13號線二、三期全線軌道正式貫通，為年底通車試運營打下了堅實的基礎。
13號線二、三期軌道工程總長36.8公裏，建設團隊對施工組織進行了全面優化，在原有陳春路站、華鵬站、華夏路三個鋪軌基地的基礎上，增設了學林路、長清路、張江路鋪軌基地，並增開了16個散鋪作業面和3個焊軌作業面，在保證鋪軌安全質量的同時，加大了機械設備和人力的投入，施工方法上采用散鋪、機鋪相結合，大幅提高了鋪軌速度。
為提高施工效率，建設團隊研發了壹種新型的“輪胎式”鋪軌機在13號線的鋪軌工程中投入使用，這也是該項技術的全國首用。經測算，傳統鋪軌機每天完成33.9米（含基底施工），而輪胎式鋪軌機每天完成50米（含基底施工），效率提高了47.5%。
此外，此次13號線軌道施工還在部分區段采用了國內先進、擁有自主知識產權的預制板式道床，不僅施工進度比傳統方式提高了壹倍，而且軌道鋪設完後線路更加美觀，還可有效降低對周圍環境造成的振動及噪聲影響。
施工單位還引進了國內高速鐵路CPⅢ測量技術，結合地鐵施工因素，形成壹套針對地鐵的軌道精密工程測量技術體系，鋪軌施工控制精度大大提高，減振、降噪的同時，輪軌磨耗減小，軌道更加平順，不僅乘客乘坐的舒適度提高，而且還延長了設備使用壽命。
13號線二期（長清路-華夏中路）全長約10公裏，全線設長清路站、成山路站、東明路站、華鵬路站、下南路站、北蔡站、陳春路站、蓮溪路站、華夏中路站9座車站。13號線三期全長約5公裏，全線設中科路站、學林路站、張江路站3座車站。
軌道交通13號線是上海軌道交通網絡中重要的骨幹線路之壹，作為西北—東南走向的直徑線，它穿越了上海城市核心城區，強化了城市中心區域向外圍的交通輻射功能。