1 身份確認變得困難
國際互聯網網址或網名與所有者身份並無必然聯系，因而不能提供關於所有者身份和位置的信息。稅務當局很難確認壹項收人的歸屬及納稅人的位置。
2 動搖了憑證審計稽查的基礎
傳統的稅收征管都離不開對憑證、賬冊、報表的審查，而電子商務是通過大量無紙化操作達成交易，稅收審計稽查失去了最直接的紙質憑證。許多電子產品的訂購和交貨都在網上進行，電子記錄可以不留痕跡地加以修改，這使得確認購買、銷售的過程復雜化。
3 計算機加密技術的開發加大了稅務機關獲取信息的難度
納稅人可以用超級密碼和用戶雙重保護來隱藏有關信息。稅務機關對國際互聯網經濟活動進行監控，面臨著壹個在合理成本的範圍內獲取必要信息與保護私人隱私、保護知識產權兩者之間如何協調的問題。
4 商業中介作用弱化
在國際互聯網上，廠商和消費者可在世界範圍內直接交易，商業中介作用被削弱和取消，中介代扣和代繳稅款的作用也隨之削弱。目前，國內銀行是稅務當局重要的信息源，即使稅務當局不對納稅人的銀行賬戶進行經常性檢查，潛在的逃稅者也會意識到少報應稅所面臨的風險。但隨著網上銀行和電子貨幣的發展，出現了設在避稅地的網上銀行及其提供的“稅收保護”。如果信息源是避稅地的銀行，稅務當局就無法對支付方的交易進行監控，也就喪失了對逃稅者的壹種重要威懾手段。
5 企業可以利用在低稅國或免稅國的站點輕松避稅
因特網是沒有國界、全球***享的網絡。國內任何壹家企業都可以利用其在免稅或低稅國設立的站點與國外企業進行商業洽談和交易，使之成為稅法規定的經營地，而僅把國內作為壹個存貨倉庫。
6 通過網絡提供的信息服務、信息咨詢等活動收取的費用，稅務機關很難稽核
比如，中國證券報社在和訊公司的網絡上設置了壹個證券信息收費站點，凡是在站點讀取信息的客戶，都應向報社付費。報社取得的這筆所得，如不主動申報，稅務機關壹般不易察覺。隨著個人計算機的普及和上網收費的降低，上網者大量增加，提供網上收費服務的單位必然越來越多，服務項目也必然花樣翻新，如網上影院、網上電視等。如此壹來，潛在的稅收損失就可觀了。
7 網上知識產權的銷售活動難以稽核
企業可以通過任壹站點向用戶發放專利或非專利技術以及軟件等產品。用戶需要時，只需通過有關密碼將產品打開或在網上拷貝壹下就可以了。這時產品的物質載體和銷售數量都不存在，打破了通常的銷售觀念。其銷售收人的多少，稅務機關難以掌握。比如，用友軟件公司就打算將來以這種方式銷售財務軟件和提供技術。特別是對這種形式的軟件銷售，是征收增值稅還是按銷售無形資產征收營業稅，在稅法上應及早明確，以利於基層稅務機關執法。
8 廣告收人應征稅款存在流失風險
目前，企業上網有兩種形式：壹種是以虛擬主機形式上網，根據占用磁盤空間的大小，每年向網絡服務公司定期上繳壹定的費用。在網絡服務公司建立的網絡上，設置壹個本公司的站點，制作主頁來發布信息。這壹部分收人作為網絡服務公司的廣告收人或服務收入，稅務機關按5%的營業稅稅率計征，與對報刊社、電視臺等單位的廣告所得征稅沒有什麽區別。另壹種上網方式是專線上網，這時企業每年分別向網絡服務公司和電信局上繳信息流動費和租線費。在網上，企業可以自行制作信息平臺，對外發布信息，甚至設立收費站點。制作這些信息對企業來說，成本和費用是非常少的。同樣這些信息，如果在期（月）刊上發布，以每期5000元計算，壹年就是60000元，稅務機關可從中征稅3000元。而現在卻不能對其征稅，這3O00元就成了潛在的稅收損失。隨著網絡的普及，以網絡為媒體的覆蓋範圍很可能會超過電視、報刊等媒體，很多企業就會把廣告費投向網絡。那時，從廣告中征收的營業稅就會減少。當然，從另壹個角度來說，上網公司信息發布費用的減少，會相應增大公司的利潤，從而增加該企業應上繳的所得稅。但所得稅的增加是否能補營業稅的損失，則很難估算。
另外，隨著因特網在世界範圍的飛速發展，貿易上的國界概念日漸模糊。用戶在本國即可購買外國公司的產品，並可能形成事實上的境外消費，這又將造成關稅、國內增值稅、消費稅的流失。就拿我國來說，隨著我國改革開放的擴大及世界經濟壹體化進程的加快，人民幣在經常項目下乃至資本項目下實現可自由兌換只是時間問題，到那時稅款流失問題將更加嚴重。