壹種觀點認為化肥等農業投入品的行政主管部門是農業行政主管部門。提出的論據如下：
《肥料登記管理辦法?》（2017版）(2017年11月30日修訂)第六條第壹款第三項“縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責本行政區域內的肥料監督管理工作。第二十六條”有下列情形之壹的，由縣級以上農業行政主管部門給予警告，並處違法所得3倍以下罰款，但最高不得超過30000元;沒有違法所得的，處10000元以下罰款: (三)生產、銷售的肥料產品有效成分或含量與登記批準的內容不符的。”
本規章很明顯的提出了肥料的監督管理工作歸屬於農業行政主管部門，而生產銷售的肥料產品有效成分與登記登記標準不符的，則指向的是產品質量不合格問題。
在農業農村部的三定方案中，對生產資料和農業投入品的監督管理做了如下的規定。《農業農村部職能配置、內設機構、和人員編制規定》第四條第壹款第八項“負責有關農業生產資料和農業投入品的監督管理”和第十條“本規定自2018年7月28日起執行”。
這裏有必要對農業投入品等概念做了簡單的介紹。其中農業生產資料和農業投入品指的是在農產品生產過程中使用或添加的物質。包括種子、種苗、肥料、農藥、獸藥、飼料及飼料添加劑等農用生產資料產品和農膜、農機、農業工程設施設備等農用工程物資產品。
《 農產品質量安全 法》第四十六條規定，“使用農業投入品違反法律、 行政法規 和國務院農業行政主管部門的規定的，依照有關法律、法規的規定處罰。”，農業投入品是關系農產品質量安全的重要因素，嚴格規範農業投入品的使用，明確相關 法律責任 十分必要。對違反農業投入品規定的行為，本法並沒有規定統壹的法律責任，而是通過設置指引性條款，由相關法律、行政法規進行規範。到目前為止，所涉及的相關法律、行政法規主要有：農業法、漁業法、畜牧法、 農藥管理條例 、農業轉基因生物安全管理條例、種子法、 飼料和飼料添加劑管理條例 、 獸藥管理條例 等。
第二種意見認為化肥等農業投入品的主管部門是合並後的市場監督管理部門。
《農業生產資料市場監督管理辦法》對農資市場的監管做了很細致的規定。該辦法第三條”本辦法所稱農資，是指種子、農藥、肥料、農業機械及零配件、農用薄膜等與農業生產密切相關的農業投入品 。本辦法所稱農資經營者，是指從事農資經營的自然人、企業法人和其他經濟組織。”
第四條” 工商行政管理部門負責農資市場的監督管理，依法履行下列職責:(壹)依法監督檢查轄區內農資經營者的經營行為，對違法行為進行查處;(二)依法監督檢查轄區內農資的質量，對不合格的農資進行查處;(三)依法受理並處理轄區內農資消費者的申訴和舉報;(四)依法履行其它農資市場監督管理職責。”
而合並後的市場監督管理部門是由質量監督管理部門和食品藥品監督管理部門和原工商行政管理部門等相關部門組成的。自然市場監督管理部門有權利有義務加強對化肥等產品的質量監督。
《國家市場監督管理總局職能配置、內設機構和人員編制規定》（2018年7月30日起施行）第三條“國家市場監督管理總局貫徹落實黨中央關於市場監督管理工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對市場監督管理工作的集中統壹領導。主要職責是：（五）負責監督管理市場秩序。依法監督管理市場交易、網絡商品交易及有關服務的行為。組織指導查處價格收費違法違規、不正當競爭、違法直銷、傳銷、侵犯商標專利知識產權和制售假冒偽劣行為。指導廣告業發展，監督管理廣告活動。指導查處無照生產經營和相關無證生產經營行為。指導中國消費者協會開展消費維權工作。(七)負責產品質量安全監督管理。管理產品質量安全風險監控、國家監督抽查工作。建立並組織實施質量分級制度、質量安全追溯制度。指導工業產品生產許可管理。負責纖維質量監督工作。第八條本規定自2018年7月30日起施行。”
國家市場監督管理總局三定方案中也提到了市場監督管理部門有負責產品質量安全監督管理的職責，第三條第五項還提到了組織指導查處制假售假偽劣行為。
因此，第二種意見認為市場監督管理部門是農業投入品的行政主管部門，確認無疑。
對於前面的兩種典型意見，筆者同意第壹種意見。如上所述，《肥料登記管理辦法?》（2017版）(2017年11月30日修訂)和《農業農村部職能配置、內設機構、和人員編制規定》等確實對化肥的行政主管部門進行了明確，而第二種意見所說的《農業生產資料市場監督管理辦法》已經於2017年10月27日廢止。
那是不是市場監督管理部門對化肥就沒有監督管理權。筆者認為其實也不然。《國務院關於調整工業產品生產許可證管理目錄加強事中事後監管的決定國發〔2019〕19號》中對列入工業產品生產許可證的產品***計10類，其中第9個產品就是化肥。而《中華人民***和國工業產品生產許可證管理條例》（簡稱生產許可條例）第四條“在中華人民***和國境內生產、銷售或者在經營活動中使用列入目錄產品的，應當遵守本條例。列入目錄產品的進出口管理依照法律、行政法規和國家有關規定執行。”
《生產許可條例》對企業未依照本條例規定申請取得生產許可證而擅自生產列入目錄產品的，取得生產許可證的企業名稱發生變化，未依照本條例規定辦理變更手續的，取得生產許可證的企業未依照本條例規定在產品、包裝或者說明書上標註生產許可證標誌和編號的，銷售或者在經營活動中使用未取得生產許可證的列入目錄產品的等等做了明確的規定，
簡而言之，化肥是重要工業產品，對這些產品要實施工業產品生產許可。對於生產、銷售列入目錄產品的，遵守這些條例。違反生產許可條例的行為，工業產品認證管理部門依據相關條例可以進行相應的處罰。
《國家市場監督管理總局職能配置、內設機構和人員編制規定》（2018年7月30日起施行）規定了市場監督管理部門指導工業產品的認證管理。第三條第七項“國家市場監督管理總局貫徹落實黨中央關於市場監督管理工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對市場監督管理工作的集中統壹領導。主要職責是：(七)負責產品質量安全監督管理。管理產品質量安全風險監控、國家監督抽查工作。建立並組織實施質量分級制度、質量安全追溯制度。指導工業產品生產許可管理。負責纖維質量監督工作。”
綜上，化肥的行政主管部門是農業農村局，負責對化肥登記的監督管理和產品質量的安全監督管理。對於合並以後的市場監督管理部門來說，對化肥的生產和銷售也是有監督管理權，但只限於對工業產品生產許可管理。對化肥質量抽查不合格的，市場監督管理部門按照《中華人民***和國工業產品生產許可證管理條例》的相關規定，責令限期改正，到期復查仍不合格的，吊銷生產許可證的處罰。