1，法律性質不同。反壟斷法是壹種經濟行政法，屬於公法範疇；反不正當競爭法是壹種知識產權法，屬於私法範疇。
2.立法的目的不同。反壟斷法調整的目的是禁止和限制競爭，創造良好的市場環境，維護正當競爭的自由，鼓勵經營者積極參與市場競爭。反不正當競爭法調整的目的是禁止不正當競爭，規範合法競爭的市場秩序，維護合法競爭的公平性，鼓勵經營者積極參與市場公平競爭，保護其合法地位。
3.不同的執法機構。《反不正當競爭法》第三條“……縣級以上人民政府工商行政管理部門應當對不正當競爭行為進行監督檢查；法律、行政法規規定由其他部門監督檢查的，依照其規定”；此外，在1994以來的幾輪機構改革中，反不正當競爭行為被明確為工商行政管理部門的壹項基本職能。2008年7月國務院新頒布的“三個界定”方案再次明確了工商總局的主要職責之壹是依法查處不正當競爭、商業賄賂等經濟違法行為。《反壟斷法》第九條“國務院設立反壟斷委員會，負責組織、協調、指導反壟斷工作，履行下列職責:……”；第十條“國務院規定的承擔反壟斷執法職責的機構(以下簡稱國務院反壟斷執法機構)，依照本法規定負責反壟斷執法。國務院反壟斷執法機構可以依照本法規定，授權省、自治區、直轄市人民政府相應的機構負責反壟斷執法。”
4.監管對象不同。反不正當競爭法主要針對市場中企業之間的相互競爭，目的是制止不正當競爭；反壟斷法側重於競爭者之間的協調行為，目的是防止形成排除或嚴重限制競爭的局面。