壹是未通過高新技術資格認定和審核不能繼續享受稅收優惠。
《高新技術企業認定管理辦法》和《工作指南》在知識產權、高新領域、研發費用、高新收入、人員、研發機構管理水平、科技成果轉化能力等方面對高新技術企業設置了嚴格的條件。隨著實踐中對高新技術企業的標準越來越嚴格，特別是對企業在核心技術和自主研發方面的要求越來越高，企業在高新技術資格認定和復審過程中面臨著極大的失敗風險。
第二，報稅不通過的風險。
由於稅務機關對企業的實際情況相當熟悉，在辦理減稅備案時，往往會根據企業提供的備案資料和自己多年掌握的企業涉稅情況，認真核實企業各方面資質是否真正符合高新技術企業的要求。在稅收任務日益繁重的情況下，稅務機關會加大對企業減免稅備案的審批力度，客觀上增加了企業稅務備案的難度和不確定性，同時也加劇了企業稅務備案不通過的風險。
第三，有效期內高新檢測的風險。
2013年初，科技部、財政部、國家稅務總局聯合發布《關於開展高新技術企業認定管理檢查工作的通知》，擬在全國範圍內開展高新技術企業認定管理檢查工作。與前幾年財政部、審計署等部門對部分地區高新技術企業開展的專項檢查和抽查相比，這次聯合檢查標誌著主管部門對高新技術檢查的檢查方式、範圍和力度都有了新的成果。在經濟增速放緩、市場需求不足、結構性減稅等因素影響下，上述文件的出臺絕非偶然。在宏觀經濟沒有明顯好轉的情況下，未來幾年高科技檢測的嚴峻趨勢仍將持續。因此，尚在有效期內的高新技術企業面臨著前所未有的高新技術檢驗風險。
第四，高新技術資格被撤銷的補稅風險。
由於相關規定在很多方面對高新技術企業設置了嚴格的條件，為了享受高新技術企業的稅收優惠，壹些企業在申報過程中采取了壹些靈活的做法，甚至提供了壹些虛假的資料。隨著高新技術資質檢查的加強，上述不合格企業在後續的頻繁檢查過程中，將面臨被撤銷高新技術資質的極大風險。
企業高新技術資格被撤銷的，上壹年度享受的高新技術稅收優惠由稅務機關全額收回，並繳納相應的滯納金。壹般來說，企業累計享受的稅收優惠金額加上每天萬分之五的滯納金，會是壹筆非常可觀的金額。因此，高新技術資質的後續維護對於企業的可持續經營至關重要。企業高新技術資格壹旦被撤銷，將面臨在規定期限內繳納高額稅款和滯納金的風險。
第五，五年內不得申請高新技術，按25%的稅率納稅。
根據《認定管理辦法》的規定，五年內被取消高新技術企業資格的企業，認定機構不再受理其認定申請。對於盈利能力較強的高新技術企業來說，五年不申請高新是巨大的經濟損失，因此也是企業需要密切關註的風險之壹。
第六，上市公司和擬上市公司的特殊稅收風險。
高新技術資質對上市公司的聲譽、品牌、核心競爭力、業績都有著特殊的意義。壹般來說，上市公司或其控股子公司通過高新技術資質認定或審核將是重大利好消息，公司業績有望大幅增長，股價將在幾個交易日內持續上漲。相反，如果上市公司發布重大納稅公告，也會給上市公司帶來不可估量的損失，比如陷入“偽高科技門”的貝因美。