主管海關負責轄區內供港澳蔬菜檢驗檢疫的監督管理。第四條海關對供港澳蔬菜種植基地(以下簡稱種植基地)和供港澳蔬菜生產加工企業(以下簡稱生產加工企業)進行備案。種植基地和生產加工企業應當向海關備案。第五條種植基地、生產加工企業或者農民專業合作經濟組織應當對供港澳蔬菜的質量安全負責。種植基地和生產加工企業應當按照中國法律、法規、規章和食品安全標準從事種植、生產加工活動，建立健全從種植、加工到出境全過程的質量安全控制體系和質量追溯體系，確保供港澳蔬菜符合香港或者澳門特別行政區的相關檢驗檢疫要求。香港、澳門特別行政區沒有相關檢驗檢疫要求的，應當符合內地相關檢驗檢疫要求。第六條海關對供港澳蔬菜的種植、生產和加工進行監管，並對供港澳蔬菜進行抽檢。第七條海關應當建立供港澳蔬菜風險預警和快速反應系統。第二章種植基地的備案和管理第八條主管海關對種植基地實行備案管理。除海關總署另有規定的小品種蔬菜外，未在備案基地的蔬菜不得作為加工供港澳蔬菜的原料。第九條種植基地、生產加工企業或者農民專業合作經濟組織(以下簡稱種植基地備案主體)應當向種植基地所在地海關申請備案。
實行區域管理的種植基地可由當地政府有關部門推薦給海關備案。第十條申請備案的種植基地應當符合下列條件:
(壹)有合法的土地使用文件；
(2)土地固定連片，周圍有天然或人工隔離帶(網)，符合當地海關根據實際情況確定的土地面積要求；
(三)土壤和灌溉用水符合國家有關標準的要求，周圍沒有影響蔬菜質量安全的汙染源；
(四)有專門部門或者專人負責農藥等農業投入品的管理，有專人管理的農業投入品存放場所；有專用的農藥噴灑工具和其他農用器械；
(五)有健全的質量安全管理制度，包括組織機構、農業投入品使用管理制度和有毒有害物質監測制度；
(六)有具備植物保護基礎知識的專職或兼職管理人員；
(七)具備農藥殘留檢測能力。第十壹條種植基地備案主體應向基地所在地海關提出書面申請，並提交以下材料:
(壹)港澳蔬菜種植基地備案申請表；
(二)種植基地示意圖和平面圖；
(三)種植基地負責人或經營者的身份證復印件。第十二條種植基地備案主體提交材料齊全的，海關應當受理備案申請。
種植基地備案主體提交的材料不齊全的，海關應當當場或者在收到申請後五個工作日內壹次性書面告知種植基地備案主體補正，受理日期為申請人補正日期。
海關受理申請後，應當按照本辦法第十條、第十壹條的規定進行審核。審核工作應在受理之日起10個工作日內完成。符合要求的予以備案，按照“省(自治區、直轄市)行政區劃代碼++ SC ++五位數”的規則進行編號，並出具備案證明。不符合規定的，不予備案，海關書面通知種植基地備案主體。第十三條種植基地負責人發生變更的，應當自變更之日起30日內向種植基地所在地海關申請備案變更種植基地。第十四條備案的種植基地應當建立供港澳蔬菜生產備案制度，如實記錄下列事項:
(壹)農業投入品的名稱、來源、用法、用量、使用日期和農藥安全間隔期；
(2)病蟲害的發生和防治；
(三)收獲的日期和數量；
(4)產品銷售和流向。
生產記錄應保存2年。禁止偽造生產記錄。第十五條種植基地負責人應當按照香港、澳門特別行政區或者內地食品安全標準和有關規定使用農藥、化肥、生長調節劑等農業投入品，禁止采購或者使用不符合香港、澳門特別行政區或者內地食品安全標準的農業投入品。