根據以上職責，市科技和信息化局設17個內設機構。
(壹)辦公室。
負責綜合協調機關政務工作；負責組織擬訂機關各項規章制度並協調檢查實施；負責重要工作文件的起草；負責文件、保密、機要、檔案、信訪、宣傳、信息、會務和議案提案辦理等工作；負責組織實施機關政務公開和信息化建設；負責組織編纂科技、信息化和無線電管理年鑒和修誌工作；負責機關安全保衛、財務、資產管理、車輛管理等工作。
(二)政策法規處。
起草有關科技、信息化和無線電管理的地方性法規、規章草案；擬訂科技和信息化發展政策；擬訂全市創新體系建設規劃；承辦本部門行政復議和行政訴訟工作，負責行政規範性文件的審查工作；擬訂科技和信息化人才隊伍建設、促進科技知識產權創新的政策措施；推進科技和信息化體制改革；承辦相關科研機構組建和調整的審核事宜；會同有關部門認定創新型企業和自主創新產品；承擔市民營科技企業的認定工作；擬定科普工作規劃和政策，組織開展科普工作，參與組織指導科技人員的繼續教育工作。
(三)高新技術發展及產業化處(與產學研結合處合署)。
擬訂高新技術發展及產業化的政策措施和規劃方案；指導、協調高新技術產業開發區等園區、企業孵化網絡建設；組織開展產學研結合工作，擬訂產學研結合的政策措施，編制產學研結合發展規劃、年度計劃和產學研結合專項資金項目並組織實施。會同有關部門認定高新技術企業、技術先進型服務企業和高新技術產品；牽頭組織推進高新技術領域科技攻關與產業化；推動高新技術產業化技術支撐與服務體系建設。
(四)發展規劃處。
組織擬訂科技、信息化發展規劃、年度計劃；組織科技、信息化發展的研究和技術預測工作；提出科技和信息化發展重大布局、優先領域政策性建議和科技計劃經費配置建議，統籌重大科技和信息化專項、重大關鍵技術和***性技術攻關；組織實施應用基礎研究計劃，組織認定市級工程技術研究開發中心，組織申報國家級、省級科技計劃；負責科技和信息化計劃管理工作，負責牽頭科技型中小企業技術創新基金項目的申報和管理工作。
(五)科研條件與財務處。
擬訂科研條件保障的政策和規劃；會同有關部門提出科技和信息化投入及優化資源配置的政策和措施建議。編制本部門科技和信息化經費預決算及經費使用的監督和績效管理；推進創業投資體系建設；負責內部審計工作；擬訂重點實驗室、行業工程技術研究中心等科研條件計劃；負責指導對實驗動物、大型科學儀器裝備的管理工作。
(六)農村和社會發展處。
擬訂生物技術及產業化、農業及農村科技和社會發展領域科技發展規劃和政策；組織推進農業、生物產業和社會發展領域科技攻關、應用示範及產業化；促進人口與健康、醫療衛生、循環經濟、節能減排、環境保護、海洋、公***安全等領域科技發展；指導農業、生物科技園區和產業基地建設。
(七)科技服務與管理處。
擬訂科技服務業發展規劃和政策；擬訂科技成果評價、登記、獎勵、技術保密和技術轉移的管理辦法並組織實施；指導和監督管理技術市場、信息服務市場、科技與信息中介組織；承擔科學技術獎評審、技術合同認定登記以及科技和信息化展覽、技術交易會的組織工作；指導科技統計、信息行業統計工作；指導科技信息庫和專家庫的建設和管理。
(八)電子信息處。
擬訂和組織實施電子信息產品制造業發展規劃和政策；負責電子信息產品制造業的行業管理工作；監測分析電子信息產業運行，協調解決行業發展中有關問題；組織推進電子信息科技攻關重大專項與產業化；協調指導電子信息產業基地建設。
(九)軟件和信息服務業處。
擬訂和組織實施軟件和信息服務業發展規劃和政策；負責軟件和信息服務業的行業管理工作；組織推進軟件和信息服務業科技攻關重大專項與產業化；負責組織“雙軟認定”、重點軟件和動漫企業認定工作；指導軟件產業基地建設；推動軟件公***服務體系建設。
(十)電子政務處。
統籌推進電子政務建設，組織編制電子政務發展規劃、計劃並組織實施；負責政府投資的信息化建設項目立項審核、管理、驗收和績效考核；組織協調市級電子政務項目建設與應用，指導政府網站建設；組織推進政務信息資源整合和***享；統籌協調全市信息化公***平臺建設和管理。承擔全市社會信用體系建設有關工作。
(十壹)信息化發展處。
推進信息技術和互聯網的普及應用，推進社會和經濟各領域的信息化應用；會同有關部門推進信息化和工業化融合；協助推進電子商務發展；協調推進國家、省、市信息化應用重點工程；負責全市智能卡、電子標簽規劃和協調管理；推廣信息化領域新技術、新標準；組織開展信息化指標測評。
(十二)網絡與信息安全處。
負責全市網絡、信息安全和信息化基礎設施的規劃與管理工作；組織協調信息安全保障體系和網絡信任體系建設；協調推進全市信息安全等級保護、信息安全風險測評等基礎性工作；協調推進國家、省、市信息網絡與信息安全重點工程建設和區域信息基礎設施資源***享。推進面向社會服務的信息網絡互聯互通，促進“三網融合”。
(十三)信息資源處(掛視頻管理處牌子)。
擬訂全市信息資源開發利用的發展規劃和政策，並組織實施；負責全市公***安全視頻系統建設和應用的統籌規劃、綜合協調，推進資源整合***享，監督落實管理維護責任。
(十四)無線電管理處(掛市無線電管理辦公室牌子)。
擬訂本市無線電管理的相關規定和實施細則，並組織實施；負責審批無線電頻率、無線電臺(站)的設置和使用，指配無線電臺呼號，核發無線電臺(站)執照；負責無線電臺(站)年度檢驗工作；負責無線電頻率的協調工作；負責組織本市轄區內的無線電監測和無線電發射設備的檢測工作。負責無線電頻率占用費的征收和無線電業務經費的管理使用；負責無線電發射設備的生產備案和進口無線電發射設備的核準。負責本市無線電管理行政執法工作的監督、指導和協調。完成上級無線電行政主管部門交辦的工作任務，指導區、縣級市無線電行政主管部門的業務工作。
(十五)交流合作處。
擬訂科技和信息化交流與合作的政策措施；組織實施政府間及有關國際組織間的科技和信息化交流與合作；負責區域科技和信息化合作的協調；指導民間國際科技與信息化合作交流；承擔有關國際學術會議的組織工作；組織國(境)外科技與信息化展覽會；組織境外高新技術項目的引進工作；承擔科技與信息化外事工作的審核申報。
(十六)組織人事處(與紀委辦公室、監察室、機關黨委辦公室合署)。
負責機關和指導直屬事業單位的組織人事、機構編制、勞動和社會保障、紀檢、監察、黨群等工作。
(十七)離退休幹部工作處。
負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作