紀委(監察室)、黨政辦、組織人事處、宣傳教育處、機關黨委辦公室、統戰部、工會、科研管理辦公室、科技成果轉化辦公室、計劃財務室、審計局、外事辦公室(對外合作交流中心)、知識產權管理處、保衛處、離退休處、後勤處。
醫院直屬單位:
(1)貴州省水稻研究所(貴州省水稻工程技術研究中心和貴州省水稻兩用核不育系生態鑒定中心)
(2)貴州省旱糧研究所(貴州省高粱研究所、貴州省玉米工程技術研究中心)
(3)貴州油脂研究所(貴州香料研究所)
(4)貴州省油菜研究所(貴州省油菜工程技術研究中心、國家油菜改良中心貴州分中心)
(5)貴州省園藝研究所(貴州省園藝工程技術研究中心)
(6)貴州省畜牧獸醫研究所(貴州省動物衛生工程技術研究中心、貴州省飼料工程技術研究中心)
(7)貴州省茶葉研究所(貴州省茶葉質量監督檢驗站)
(8)貴州蠶業研究所(貴州辣椒研究所)
(9)貴州土壤肥料研究所(貴州生態農業工程技術研究中心、貴州農業資源與環境研究所)
(10)貴州省農業科技信息研究所(貴州省農業科技信息中心)
(十壹)貴州生物技術研究所(貴州馬鈴薯研究所、貴州生物技術重點實驗室)
(12)貴州省水產研究所(貴州特種水產工程技術中心)
(13)貴州省植物保護研究所(貴州省農藥產品質量監督檢驗站、貴州省無公害植物保護工程技術研究中心)
(14)貴州草業研究所(貴州草業工程技術研究中心)
(15)貴州果樹科學研究所(貴州火龍果研究所、貴州柑橘研究所、貴州特色果蔬工程技術中心)
(16)貴州省亞熱帶作物研究所(貴州省南亞熱帶作物工程技術中心、貴州省生物質能源研究所)
(十七)貴州現代農業發展研究所(貴州農產品加工研究所、貴州現代農業發展研究中心、貴州農村經濟社會發展科學研究所)
(十八)貴州省農作物品種資源研究所(貴州省現代中草藥研究所、貴州省新品種區域試驗站)
(十九)貴州省農業科學院職工醫院(桂陽小河朱槿社區衛生服務中心)
(二十)貴州省農業科學院附屬中學。