第十二條 項目申請單位在接到科技部編制項目預算通知後，應當組織本單位財務部門會同項目負責人編制項目預算，並按本辦法及通知要求編制完畢後報送科技部。
第十三條 項目預算編制要求：
（壹）項目預算的編制應根據合作研發與交流的合理需要，堅持目標相關性、政策相符性和經濟合理性原則。
（二）項目預算編制時要編制來源預算與支出預算。
來源預算除申請專項經費外，有自籌經費、外方投入經費來源的，需提供出資證明及其他相關財務資料。自籌經費包括單位的自有貨幣資金、專項用於合作研發與交流的其他貨幣資金等。外方投入經費是指外方投入的由中方支配和使用的貨幣資金。外方投入中不由中方支配、使用的貨幣資金，以及設備、人員、技術等非貨幣資金投入不列入來源預算，但應在來源預算說明中予以明確，包括外方各種投入的主要用途、使用方案，以及外方投入與合作研發成果、知識產權分享的關系。
支出預算按照經費開支範圍確定的支出科目和不同經費來源編列，同壹支出科目壹般不得同時列支專項經費、自籌經費和外方投入經費。支出預算應當對各項支出的主要用途和測算理由等進行詳細說明。
（三）由多個單位***同承擔壹個項目的，應當同時編制列示各單位承擔的主要任務、經費預算等。
（四）編制項目預算時，項目申請單位應當申明項目承擔單位的現有組織實施條件和資源，以及從單位外部可能獲得的***享服務；應當對項目實施可能形成的，由中方享有全部產權的科技資源和成果，提出社會***享方案；由合作各方***同享有產權的科技資源和成果，應當提供合作協議約定的***享方案及使用方案。
第十四條 科技部、財政部組織專家或委托中介機構組織專家（包括財務管理專家、同行專家、國際科技合作管理專家）對項目預算進行評審或評估，並對預算評審或評估結果進行審核。對於項目預算存在重大異議的，應當按照程序進行復評。
第十五條 科技部按照財政科技經費管理的要求，提出項目預算安排建議報財政部批復後，向項目申請單位下達項目立項批復和預算批復，並抄送項目推薦部門。項目預算應當納入科研項目管理數據庫統壹管理，重大項目應分年度滾動安排。
第十六條 項目申請單位在接到科技部下達的項目預算及項目立項批復後，即為項目承擔單位。