1、重點不同
經濟技術開發區既著眼於產業發展的規律又著眼於區域發展規律，高新區更多的是著眼於產業發展規律。
2、範圍不同
經濟技術開發區的發展方向是技術密集型產業，經濟結構較為單壹；享受的優惠條件少於經濟特區；著重於發揮樞紐作用，即對內對外輻射作用，溝通中外經濟聯系，通過外引內聯促進內地經濟發展與對外貿易，為繁榮全國經濟作出貢獻。
高新技術的範圍包括微電子科學和電子信息技術，空間科學和航空航天技術，材料科學和新材料技術，光電子科學和光機電壹體化技術。
生命科學和生物工程技術，能源科學和新能源、高效節能技術，生態科學和環境保護技術，地球科學和海洋工程技術，基本物質科學和輻射技術，醫藥科學和生物醫學工程，其它在傳統產業基礎上應用的新工藝、新技術。
3、意義目的不同
建設經濟技術開發區的主要任務是引進、吸收先進技術和現代管理經驗；擴大出口貿易，增加外匯收入，積累建設資金；開發國內緊缺產品，滿足全國生產建設需要；及時掌握和傳播經濟技術信息；培養各方面人才，以適應進壹步對外開放工作的需要。
建設高新技術產業開發區，是中國經濟和科技體制改革的重要成果，是符合中國國情的發展高新技術產普的有效途徑。
現階段要進壹步依靠體制創新和科技創新，強化功能建設，營造吸引優秀科技人員和經營管理者創新創業的良好環境，成為科技創新和產業化發展重要基地，在區域經濟發展中發揮輻射和帶動作用。
參考資料：
百度百科-高新區
百度百科-經濟技術開發區