江蘇中心設11個壹級內設機構，分別為：辦公室、黨委辦公室、人力資源部、審查業務部、機械發明審查部、電學發明審查部、通信發明審查部、醫藥生物發明審查部、化學發明審查部、光電技術發明審查部、材料工程發明審查部，設總審查師1名。各壹級內設機構下設室級機構。
（壹）辦公室
負責制定中心財務收支計劃並監督執行；負責編報中心經費預算和決算；負責制定和實施財務管理制度；負責稅金繳納工作；負責財務文件和財務檔案管理；負責文秘和宣傳工作；負責行政事務、資產管理、物資采購和後勤保障工作；
負責信息化建設和自動化設備的運行、維護及管理工作；負責安全保衛、消防和保密工作；負責處理突發事件；完成領導交辦的其他工作。
（二）黨委辦公室
負責組織、宣傳、培訓和統戰工作；負責黨員和黨務幹部的日常教育、管理、培訓及黨員發展工作；負責紀檢監察和信訪工作；負責工、青、婦等群眾組織工作；完成領導交辦的其他工作。
（三）人力資源部
負責制定人事、勞資等方面的規章制度和管理辦法；負責制定並組織實施人員招聘計劃；負責制定並組織實施業務培訓計劃和考核方案；負責幹部的聘任、培訓和管理工作；負責人員調配、考核、合同和人事檔案管理工作；負責專業
技術職務、等級審查員和等級職員的評聘工作；負責薪酬、社會保障和住房公積金管理工作；完成領導交辦的其他工作。
（四）審查業務部
負責制定業務發展規劃和年度審查計劃；負責審查業務、審查質量的管理與協調；負責審查業務研究、專利技術分析研究和相關政策研究；完成領導交辦的其他工作。
（五）機械發明審查部
負責機械相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（六）電學發明審查部
負責電學相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（七）通信發明審查部
負責通信相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（八）醫藥生物發明審查部
負責醫藥生物相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（九）化學發明審查部
負責化學相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（十）光電技術發明審查部
負責光電技術相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（十壹）材料工程發明審查部
負責材料工程相關技術領域專利申請的實質審查；負責PCT申請的國際檢索和國際初審；完成領導交辦的其他工作。
（十二）總審查師
總審查師職責：負責指導制定中心審查質量標準、中心業務發展規劃和年度審查計劃；負責指導中心業務培訓和學術研究工作；負責中心與專利局等相關部門審查業務的協調工作；完成領導交辦的其他工作。