目前互聯網法院建設和發展過程中面臨的疑難問題之壹就是管轄問題，法律專家學者和從業者對此提出了不少建議，相信今後會進壹步完善相關法律法規。
最高人民法院於2018年9月發布的《最高人民法院關於互聯網法院審理案件若幹問題的規定》（以下簡稱《規定》）統壹規定了各互聯網法院的管轄範圍包括：互聯網法院所在的市轄區內應當由基層人民法院受理的壹系列互聯網相關的第壹審案件。
目前杭州、北京和廣州等三個互聯網法院都是基層法院的配置，人員配備方面相對比較精簡，這也和互聯網法院的級別較低有壹定關系。另壹方面，由於互聯網法院並沒有被《人民法院組織法》列為專門法院，目前的互聯網法院還不具備專門法院的法律地位，尚不能直接適用專門法院在管轄方面的優先性和強制性等特殊規則。
關於對互聯網法院壹審案件的上訴問題，根據上述《規定》的第四條規定，三個互聯網法院的情況不同1. 對北京互聯網法院作出的判決、裁定提起上訴的案件，由北京市第四中級人民法院審理，但互聯網著作權權屬糾紛和侵權糾紛、互聯網域名糾紛的上訴案件，由北京知識產權法院審理。
2. 對廣州互聯網法院作出的判決、裁定提起上訴的案件，由廣州市中級人民法院審理，但互聯網著作權權屬糾紛和侵權糾紛、互聯網域名糾紛的上訴案件，由廣州知識產權法院審理。
對杭州互聯網法院作出的判決、裁定提起上訴的案件，由杭州市中級人民法院審理根據《最高人民法院關於互聯網法院審理案件若幹問題的規定》，互聯網法院審理市轄區內應當由人民法院審理的案件，定位應該是在基層法院的，上訴法院也有具體規定，比如北京互聯網法院上訴至北京第四中級法院，廣州互聯網法院上訴至廣州中院。