自主創新能力不足的原因是多方面的，包括歷史背景和政策導向；既有客觀條件的限制，也有認識和觀念上的誤區，但主要是自主創新的動力、機制和政策環境的缺失。
(壹)市場體系不完善，沒有有效促進自主創新的體制機制環境。
社會主義市場經濟體制不完善，沒有公平競爭和誠信的市場環境。知識產權保護制度不健全，有利於自主知識產權產生和轉讓的法律環境尚未建立。全社會缺乏創新文化氛圍，培養創新人才和創新精神、尊重個性、恪守誠信、公平競爭、鼓勵探索、崇尚創新、寬容失敗的良好創新文化和環境尚未形成。
(二)政府的作用和政策沒有得到充分發揮，有時甚至成為自主創新的障礙。
雖然全國普遍重視和強調“科學技術是第壹生產力”的作用，但壹些地方和部門沒有把技術進步和創新放在經濟社會發展的優先地位。
1.科技與經濟的結合還沒有從根本上解決。科技與經濟社會發展脫節，壹直是中國發展的重要癥結。雖然經濟體制和科技體制改革已經進行了20多年，科研力量主體已經進入國民經濟主戰場，但科技與經濟相結合的高層次體制問題和科技與經濟相結合的深層次機制問題還沒有得到根本解決，與社會主義市場經濟體制、經濟和科技相適應的新型科技體制和運行機制還有待建立和完善。
2.產業發展中政府職能越位與缺位並存。現在各級政府還是管了很多不該管也管不好的事，而很多該政府管的事卻管不好。產業發展中政府職能越位與缺位並存，制約了產業和企業的創新能力。職能越位表現為政府(主要是地方政府)部門過度使用行政權力幹預企業經營活動，扭曲了市場機制，破壞了公平競爭的市場環境和創新環境；職能缺失表現為政府對關系國民經濟和社會發展的基礎性、戰略性產業缺乏統壹規劃，對支持產業創新的政策缺乏系統研究，為產業創新提供服務的職能弱化。
3.相關部門之間和部門內部缺乏協調機制，影響了產業創新能力的提升和產業發展。在宏觀管理體系上，新的決策體系和組織機制尚未形成。體制分割嚴重影響了國家統壹意誌的達成和重大科技創新活動的有效組織，明顯削弱了國家科技的組織動員能力和協同整合能力。特別是長期以來各自為政、相互封閉的行政管理格局沒有得到根本解決。在決策體系上，部門之間缺乏協調，難以在國家總體目標上形成壹致的、分工協作的機制，有以部門利益代替國家利益的傾向。決策權和責任不對等，沒有與權力相壹致的問責制度。在資源配置上，我們在爭奪財政資金，按照自己的規律分配，導致很多領域重復分配，浪費國家資金。在重大科技項目組織中，科技政策與產業政策、投資政策、貿易政策、消費政策之間沒有有機銜接，甚至存在矛盾和沖突。與許多國家相比，中國科技管理體制的最大問題不是過於集中，而是分散。比如軟件產業管理體制涉及多個部委，使得權力和資源相對分散，增加了相互協調合作的難度，壹定程度上削弱了相關扶持政策的執行力。
4.國家對壹些重要行業缺乏自主創新的整體部署和有效安排。壹些戰略性產業發展未能妥善處理短期與長期、局部與整體的關系，難以形成統壹的戰略部署和完整的創新鏈條。同時，性技術的研發非常突出，政府的重視和支持不夠。
5.現行政策體系與支持自主創新的導向不協調。我國產業創新的體制和機制還很不完善，極大地制約了產業自主創新能力的提高。目前的政策體系基本上是以支持GDP增長為主，缺乏明確的支持自主創新的方向。特別是壹些政府部門將有限的資源用於規模擴張和增長速度，這在實踐中抑制了自主創新，但鼓勵了技術引進。主要表現為:政策體系結構不夠合理；政策設計缺乏公平性；政策制定缺乏適應形勢變化的調整機制；壹些政策目標支持不明確的創新方向。
6.政府資金投資和使用效率不高，重復浪費嚴重。目前管理科研經費的部門主要有國家發改委、科技部、科學院、教育部、基金會委員會和壹些相關部委，但部門間協調不夠，導致科研經費使用不合理，沒有得到有效利用。各方面科技力量自成體系，分散重復，宏觀協調能力弱，科技資源配置分散重復，整體運行效率不高。壹方面資源不足，另壹方面資源重復，浪費非常嚴重。比如美國只建了16個衛星接收站，而兩年前中國有30個，僅北京就有8個，未來可能還要建50個。在發達國家，大型科學實驗設備的利用率比中國高5到6倍。由於多頭管理，部門、行業、部門分割嚴重，科技資源配置模式和評價體系不能適應科技發展新形勢和政府職能轉變的要求。
(三)企業創新能力不足，創新動力機制有待完善。
中國企業R&D機構數量少，R&D能力不足。在“產學研”結合中，企業基本處於從屬地位。企業普遍重生產輕研發，重進口輕消化吸收，重模仿輕創新，創新水平低，高端發明少。很多企業處於“制造”而無“創造”、“產權”而無“知識”的狀態，有些企業甚至靠模仿和假冒來生存。
中國還沒有形成真正能保護企業家盈利動機的機制和規則。產權制度和法人治理結構不健全，管理體制和利益機制不完善，導致生產經營中的短期行為。註重當下而忽視長遠，缺乏通過自主創新做強做大企業、實現可持續發展的內在動力。
(四)高校和科研院所創新能力不足，創新機制不完善。
目前，高校的科研力量還比較分散，科研工作缺乏長遠、可持續發展的綜合目標；科研規劃與重點項目結合程度不高，難以實現科技資源和成果共享，低水平重復現象仍時有見；高校現有技術創新平臺綜合性、交叉性、集成性和國際化程度普遍較低，交叉學科和新興學科沒有得到大力投入和支持，科學研究和學科發展缺乏核心競爭力；科研成果轉化資金缺乏，科研成果或專利轉化為現實生產力的不到10%。多年來，科研機構的研發活動具有純技術導向的傾向，註重先進的技術參數和指標，但缺乏對市場需求和規律的把握，其成果往往不具備市場能力。1999以來科研院所轉制總體情況是好的，但也存在壹些問題。由於生存壓力，部分科研院所轉制後科技活動規模和水平大幅下降，短期行為嚴重。他們主要關註壹些“短平快”的項目，忽略了對基礎和* * *技術的研究，影響了發展潛力。
嚴重的學術腐敗。
社會上對名利的過度追求和浮躁之風也對科學界造成了沖擊。近年來，腐敗和造假已經蔓延到教育界和學術界。有些人急功近利，科研成果粗制濫造，無視科研工作的職業道德，弄虛作假，欺騙大眾。猖獗的學術腐敗不僅是學者個人的道德問題，也是社會轉型期的結構性和體制性問題。