1、市環境信息服務中心
壹、貫徹執行國家和地方環境保護法律、法規、政策和規章制度；
二、接受國家、省環境信息中心的業務指導及其委托工作，指導縣（區）環境信息中心的業務工作；
三、負責惠州市環境信息廣域網絡系統的建設，擬定全市環境信息的各項技術規範，參與制定全市環境信息發展規劃與計劃；
四、負責市環保局網絡設備管理，提供網絡系統安全及保密技術保障工作；
五、負責環保綜合業務應用系統、環保網站、汙染源在線監控系統建設與維護，建立和完善市環境資源數據庫；
六、負責環境信息技術的培訓、推廣工作；
七、負責完成市局領導交辦的其他工作。
2、環境保護宣教中心職能
壹、面向全社會開展以環境科學知識、環境法律知識和環境道德倫理知識為主要內容的環境教育，指導各縣（區）開展環境宣傳教育工作；
二、組織實施創建綠色學校、綠色社區等綠色創建工作。
三、組織每年環保“兩報壹刊”的征訂和相關工作；
四、利用廣播、電視和報刊等新聞媒體，及時宣傳報道我市環保工作，完成重大環境情況的文字、圖片、影視的宣傳報道；
五、負責對幹部、企業職工和環保系統在職工作人員進行環保知識培訓。
六、負責環保宣傳教育工作；
七、負責綠色學校和綠色社區的創建工作；
八、負責“兩報壹刊”的征訂工作；
九、完成市局領導交辦的其他工作。
3、市環境保護監測站
壹、貫徹執行環境保護和環境監測有關的法律、法規、標準、技術規範和管理制度，參與制定有關環保政策、法規和環境監測技術規範工作。
二、負責對惠州市的大氣、水質、海洋、土壤、生態、噪音、震動各種環境要素進行定期的監測，同時分析、收集、整理和儲存監測數據、定期向市環保局及上級環境監測站呈報本市環境質量狀況和汙染動態的技術報告；
三、負責對惠州市汙染源進行定期和不定期的監測，建立健全我市汙染源監測擋案工作；
四、負責惠州市環境質量評價，編寫本市環境質量報告書，編制本市環境監測年鑒；
五、參與和承擔科研課題、委托監測等工作，並負責有關項目的報告書；
六、參與轄區內汙染事故處理和汙染糾紛仲裁工作；
七、完成環保主管部門因環境管理需要進行的其他監測；
八、負責惠州市環境監測網的業務組織和協調，組織技術交流和監測人員培訓；
九、研究並解決野外監測布點、采樣、樣品運輸、貯存和分析測定等技術環節中存在的問題，促進監測技術的不斷發展
十、負責對所轄工作範圍內的環境監測和技術業務指導及協調省環保局做好對監測人員上崗培訓管理工作。
十壹、完成局領導交辦的其他工作。
4、市環境科學研究所
壹、貫徹執行國家和地方環境保護的有關法律、法規、政策和規章制度；
二、負責建設項目的環境影響評價、環境規劃、環境風險評價等方面的工作；
三、負責為重大建設項目、重點工程環保決策提供技術支持，並提供咨詢；
四、負責承擔環保類科研課題，加強與國內外大專院校、科研機構的聯系，推進環境科學的產、學、研工作；
五、負責推廣環保新技術，為循環經濟、清潔生產實施提供技術依托；
六、負責提供環境工程設計、環保咨詢等方面的工程技術服務；
七、完成市局領導交辦的其他工作。
5、市固體廢物管理站
壹、貫徹執行國家、省關於固體廢物汙染環境防治的法律、法規、方針、政策和技術規範，擬訂並組織實施本市固體廢物汙染環境防治的規劃和規定；
二、組織實施固體廢物處理處置、危險廢物經營許可證、危險廢物轉移聯單的固體廢物環境管理制度；
三、負責審理轉入（出）我市儲存、處置危險廢物申請工作；
四、負責初審可用作原料進口廢物申請書工作；
五、負責建立固體廢物管理的擋案及相關數據庫工作；
六、協助處置突發性危險廢物、危險化學品汙染事故工作；
七、辦理人大、政協關與固體廢物議案、提案、建立的相關工作；
八、完成局領導交辦的其他工作。
6、環境技術中心
壹、負責建設項目環境影響評價文件技術評估；
二、負責環境風險評價報告技術評估；
三、負責突發環境事件應急預案技術評估；
四、負責環境汙染治理、生態修復設計方案技術評估；
五、負責專項資金補助申請報告技術評估；
六、負責環保業務資質登記管理；
七、受局裏或其他部門委托進行的其它技術評估業務；
八、受企業委托進行的其它技術評估業務。
九、參與環境保護對外技術交流與合作的具體工作。
7、陳江片辦事處
壹、貫徹執行國家環境保護方針政策和法律法規，監督實施環境保護的有關規定、制度和管理辦法，落實上級制定的環境保護計劃和措施；
二、負責或協助做好環境監察工作；
三、負責或協助做好建設項目的環境管理工作；
四、負責或協助做好《排汙許可證》的管理核發工作；
五、負責或協助做好轄區內環境信訪投訴處理工作；
六、負責或協助做好環境保護宣傳教育工作；
七、完成局領導和機關各科室交辦的其他工作。
8、水口處辦事處
壹、貫徹執行國家環境保護方針政策和法律法規，監督實施環境保護的有關規定、制度和管理辦法，落實上級制定的環境保護計劃和措施；
二、負責或協助做好環境監察工作；
三、負責或協助做好建設項目的環境管理工作；
四、負責或協助做好《排汙許可證》的管理核發工作；
五、負責或協助做好轄區內環境信訪投訴處理工作；
六、負責或協助做好環境保護宣傳教育工作；
七、完成局領導和機關各科室交辦的其他工作。
9、橫瀝片辦事處
壹、貫徹執行國家環境保護方針政策和法律法規，監督實施環境保護的有關規定、制度和管理辦法，落實上級制定的環境保護計劃和措施；
二、負責或協助做好環境監察工作；
三、負責或協助做好建設項目的環境管理工作；
四、負責或協助做好《排汙許可證》的管理核發工作；
五、負責或協助做好轄區內環境信訪投訴處理工作；
六、負責或協助做好環境保護宣傳教育工作；
七、完成局領導和機關各科室交辦的其他工作。
10、市汙染物總量減排辦公室主要職能
壹、貫徹實施國家和省汙染減排法律法規和方針政策，研究制定並組織實施相關制度和技術規範。
二、制定汙染物總量減排工作計劃及實施方案，指導各縣（區）開展汙染減排工作；
三、負責全市汙染減排工作的日常協調、監督、審核及考核工作。
四、負責全市主要汙染物總量控制，實施主要汙染物排放總量臺帳制度，核算主要汙染物排放量，調度全市主要汙染物排放情況。
五、組織開展汙染減排有關宣傳培訓和對外交流與信息發布工作。
六、承辦市政府和省環保局有關處室交辦的相關工作。