首先，監管機構的政策目標本來就是相互沖突的。目前，縣區基層普遍建立了市場監管部門，但上級部門仍是食藥監、工商、質監等部門。由於食品安全監管職能同時劃歸食品藥品監管部門，上級工商、質監部門的理性選擇是強調本部門剩余職能的重要性，基於自身工作設置政策議程，缺乏壹致性和互補性。上級的會議、匯報、檢查等事務多頭部署，讓基層疲於應對，導致制度政策目標內生沖突。
據統計，部分縣級市場監管局壹年內收到上級三個部門的文件多達1784份，主要用於安排和開展各種專項監督檢查，遠遠超過機構改革前三局收到文件的總和。
以最近天津劉度鎮的“假冒調料”事件為例。涉及市場秩序、食品安全、知識產權等諸多政策問題。應該是綜合執法的優勢，但實際上市場監管局並沒有起到協同作用。
其次，監管權限和監管資源結構性錯配。在分權的背景下，市場監管部門的職能在減少。無論是“先照後證”、“多證合壹”，還是企業年報制度，都強調許可權和監管權的精簡和下放，以減輕市場主體的負擔。但是，食品藥品安全不能盲目分權，甚至壹些高風險的監管權力也需要收集集中，這就形成了觀念上的沖突。此外，市場監管部門習慣於傳統的行政管理模式，這與基於風險分析的現代食品藥品監管理念並不相符。
有研究統計了2015年三個縣級市場監管局的食品藥品監管工作，其中65%的監督檢查力量用於行政許可和專項檢查，只發現了15%的案件線索，投入產出嚴重倒掛。