參與制定重大政策和發展規劃，參與重大問題的調查研究；負責起草綜合性文件和報告；承辦文秘檔案、機要保密、政務督查、目標考核、信息公開和信訪工作；組織協調相關重要會議和活動；承擔局機關的公務接待、後勤保障、資產管理和安全保衛工作。
(2)政工科(紀檢監察室)
負責局黨總支的日常工作和小組工作；負責局機關的編制、組織人事、勞動工資、職稱、教育培訓、出國考察等工作；負責局機關的紀檢監察工作；負責局機關老幹部的管理工作；指導全省地方海事系統的精神文明建設、隊伍建設和宣傳工作；指導全省地方海事系統的體制改革和機構設置；指導全省地方海事系統行風建設，負責行風查處工作；負責管理地方海事協會。
(3)財務設備科
指導全省地方海事系統規費的征收、財務和審計工作；組織制定全省地方海事系統裝備建設發展規劃，參與編制年度投資計劃，歸口管理基建項目、裝備建設和大宗物資采購；負責監督全省地方海事系統資金的申請、分配和使用，承擔財政預決算的編報工作；負責本省地方海事系統服裝的審批、生產和配送；承擔全省地方海事系統規費的征收管理工作；承擔本省地方海事系統的內部審計工作；承擔局機關日常會計核算、國有資產管理和政府采購工作。
(4)航行監督處(危險管理與防汙染監督處)
宣傳貫徹船舶航行安全和防止船舶汙染的有關政策、法規和規章，制定實施措施和意見；負責通航安全評估、水上水下施工、作業審批和航行通告(警告)發布與管理；指導水上交通事故的調查處理，負責水上交通事故的統計、分析和報告，參與重特大水上交通事故的調查處理；負責載運危險貨物船舶的安全監督管理，指導船舶汙染應急處置，組織危險貨物申報員的培訓、考試和發證；負責劃定通航水域；負責指導打撈清除影響航行安全的沈船；負責船舶安全檢查和船舶出入境簽證管理；負責渡口的安全監管，指導農用自備船的安全監督管理。
(5)船舶船員管理處(審計業務部)
宣傳貫徹有關船舶船員監管的政策法規，制定具體措施和實施意見；負責全省船舶登記管理工作；負責管理全省各類船員的培訓、註冊、考試、發證和發證工作；負責對船員服務機構和船員用人單位的監督管理；負責對船舶及其公司的安全管理體系進行各項審核，簽發《符合證書》和《安全管理證書》；負責安全管理體系審核員的管理、培訓和考核。
(6)船舶檢驗管理科
宣傳貫徹國家有關船舶檢驗的法律、法規和技術標準，制定船舶檢驗管理發展規劃、船舶檢驗管理措施和相關政策；負責全省船舶和海產品的檢驗業務及相關證書的發放和管理；負責大型、新型和特種船舶的建造檢驗管理；負責審查省內施工企業的年檢條件；負責船舶和海產品質量事故的調查和處理；負責質量管理體系船舶檢驗業務的日常管理；負責與船舶修造質量相關的技術咨詢服務企業的監督管理。
(7)船舶檢驗技術部(圖紙審查室)
負責船舶檢驗相關政策、法規、規範和技術標準的研究；負責全省法定勘察機構和勘察人員資質的監督管理；負責全省船舶圖樣審查業務的管理；負責船舶檢驗技術檔案的管理；負責組織全省船舶檢驗師的專業培訓和考核；負責船檢業務軟件的開發、使用和維護；參與船舶重大海損和機損事故的調查；負責監督管理船舶設計單位的設計質量；負責船舶檢驗技術創新、新技術推廣、船舶標準化和節能減排工作。
(8)政策法規科
組織開展地方海事、船檢和水上執法的政策研究；承擔海事船舶檢驗相關地方性法規規劃，協調立法草案，負責規範性文件的審查和上報工作；負責全省地方海事系統的執法監督工作；負責全省地方海上執法隊伍建設和執法證件管理，指導和監督執法人員的在職培訓和再教育；承擔本局的法制宣傳教育工作；組織實施本局的行政許可工作；協助應訴局機關行政復議和行政訴訟案件；負責行政權力網上公開透明運行。
(9)科技信息化辦公室
負責組織編制全省地方海事系統發展規劃和科技信息化規劃；組織實施全省地方海事船舶檢驗科技項目、創新技術的引進開發和科技成果的推廣管理；負責全省地方海事系統信息化項目的建設和管理；組織和指導全省地方海事系統的標準計量、知識產權、技術交流和科技創新工作；建立健全全省地方海事船舶檢驗管理基礎數據庫，負責各類數據的收集、匯總和統計分析；負責海事網站的建設和管理以及計算機專業人員新技術知識的培訓。
(10)指揮調度科
宣傳貫徹有關水上搜尋救助的法律法規，制定搜尋救助實施辦法；負責與上級水上搜救中心、相鄰水上搜救中心和搜救成員單位的聯系、溝通和協調；組織編制和完善重大水害應急預案，並開展相關預案的演練；組織協調轄區水上搜救工作；開展水上搜救工作交流培訓等活動；負責省水上搜救局24小時值班工作；收集天氣預報、航行管理等信息，及時分析評估，提出防範措施；負責全省地方海事系統水上交通視頻監控和船舶GPS監管。
(十壹)水務執法監督部門
宣傳貫徹水上交通安全監管、航空管理和航政執法的有關政策、法規和規章，制定具體實施辦法和意見；負責對船舶違反水路運輸法律法規的檢查、制止、強制和處罰進行指導和監督；負責指導和監督對船舶海事違法行為、超出航道等級限制使用航道、占用通航水域、擅自經營運輸和超經營範圍行為的檢查和處理；負責指導通航水域和港口的巡航，監督管理通航秩序和交通管制；指導和監督上航駐市縣水上執法機構的執法工作，負責水上執法的業務培訓。