管理專利工作的部門可以處理專利侵權糾紛，如果侵權行為成立，可以責令侵權人立即停止侵權行為。專利侵權糾紛發生時，當事人需要冷靜對待，尋求解決方案。
未經專利權人許可實施專利，即侵犯專利權而引起糾紛的，由當事人協商解決。協商不成的，可以請求當地專利管理機關調解，也可以直接向省會城市所在地中級法院和最高人民法院指定的中級法院提起訴訟。
專利權人的權利受到了他人的侵犯。如何向專利管理部門(地方知識產權局)提起訴訟進行調解或向法院提起訴訟？
專利糾紛案件的處理方法:
1，協商模式。
第壹種方式是協商解決糾紛，即專利權人和侵權人通過協商解決問題。這種方式是專利權人在侵權行為已經發生並取得壹定證據的前提下解決糾紛的有效途徑。
從結果來看，通過這種方式解決專利糾紛的最終結果大致可以分為三種:第壹種是侵權人主動停止侵權行為，積極賠償專利權人的經濟損失。第二種是糾紛雙方自願簽訂專利許可協議，使侵權行為合法。第三種是爭議雙方協商不成，只能通過其他方式處理爭議。
2.向專利管理機關提交爭議解決申請書。
專利權人也可以向專利行政部門申請爭議仲裁。這種方法主要用於爭議雙方協商失敗，爭議壹方或雙方不承認協商結果，或在協商協議中對某些細節無法達成壹致的情況。
在這種情況下，可以向專利管理部門提出爭議解決申請，通過第三方機構的介入解決爭議。具有很強的專業性和公信力，能夠在保持客觀公正的基礎上制定符合爭議雙方利益的處理意見，以中間人的身份出現調解專利侵權糾紛。