壹、專題以前沿技術研究為導向，以提高原始性創新能力和獲取自主知識產權為目標。專題課題申請按照指南要求通過網絡進行申報。
1、課題申請者根據申請指南，在網上填寫專題課題申請書，由單位管理員審核後在規定的受理期限內提交至國家科技計劃項目申報中心；
2、課題形式審查、同行評議和評審；
3、立項課題的課題責任人會同課題依托單位編制課題預算；
4、課題經費預算評估；
5、課題責任主體根據課題立項通知和經費預算批文，在10個工作日內填寫課題任務合同書和課題預算書，通過網絡提交至國家科技計劃項目申報中心和國家科技計劃經費預算申報管理中心
二、項目以國家戰略需求為導向，以提高集成創新能力和形成戰略產品原型或技術系統為目標。項目（課題）申請按照指南要求通過網絡進行申報。
1、課題申請者根據申請指南，填寫和提交項目課題申請書或重點項目申請書；
2、課題形式審查和評審；
3、立項課題的課題責任人會同課題依托單位編制課題預算；
4、課題經費預算評估；
5、課題責任主體根據課題立項通知和經費預算批文，在10個工作日內填寫課題任務合同書和課題預算書，保密課題應同時與領域辦簽訂863計劃課題保密協儀書。
重大項目主要管理流程是：（1）重大項目啟動建議和批準；（2）重大項目實施方案論證和批復；（3）重大項目課題申請和評審；（4）重大項目課題立項建議和審批；（5）重大項目課題任務合同書簽訂和立項信息發布；（6）重大項目課題檢查和調整；（7）重大項目評估、監理和調整；（8）重大項目驗收。