壹、職位不同：
科技局屬於國家行政機關，裏面就是所謂的公務員。
科協屬於社會團體，但比較特殊，是參照公務員法管理單位，編制由組織部確定，屬於同級相關主管部門管轄下，相同性質的還有作協，紅十字會等。
二、職能不同：
科協主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的壹些下屬單位是事業單位。
科技局是管理科技事物、行政執法。
三、性質不同：
“科協”，是科學技術協會簡稱，是科技工作者的群眾組織和人民團體，不是政府部門，沒有行政執法權，因而也不屬於行政單位。
各級科學技術學會，作為同級黨和政府聯系科學技術工作者的橋梁和紐帶，作為推動科學技術事業發展的重要力量，主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的壹些下屬單位是事業單位。
科學技術局，研究擬定科技發展戰略、中長期規劃和年度計劃；研究提出合理配置科技經費的意見和建議；負責歸口管理的科學事業費、“科技三項費用”等有關經費的預、決算。
擴展資料：
科技局單位職能：
1、貫徹執行國家有關科技工作的方針、政策和法律、法規；研究擬定科技發展和科技促進經濟與社會發展的政策措施；會同有關部門制定有關科技體制改革和科技創新體系總體規劃，並組織實施。
2、研究擬定科技發展戰略、中長期規劃和年度計劃；研究提出合理配置科技經費的意見和建議；負責歸口管理的科學事業費、“科技三項費用”等有關經費的預、決算。
3、研究提出高新技術發展計劃及產業政策措施，並組織實施；負責申報、認定高新技術企業、高新技術產品和高新技術成果轉化項目；指導高新技術產業開發區和科技示範園區工作；參與高新技術風險投資管理。
4、研究擬定加強技術創新、加強科技成果產業化的政策措施；組織實施科技攻關計劃、火炬計劃、星火計劃、科技成果推廣計劃、農業良種產業化工程、國家技術創新試點城市工作和可持續發展示範項目；組織協調產學研結合，加強企業與大專院校、科研單位的科技聯合與協作。
5、歸口管理科技成果、科技獎勵、科技保密、技術市場和科技信息市場；協調組織與科技相關的知識產權保護工作；負責《中華人民***和國合同法》中有關技術合同規定的實施和監督檢查。
6、參與編制重點科學工程等科技基地的建設規劃；編制實施重點實驗室、中試基地、工程技術研究中心等科技基地的計劃；負責新建和調整科研機構的審核、申報工作；負責民營科技企業的認定、審批及管理工作；負責科技型中小企業認定和創新基金的歸口管理。
7、歸口管理科技外事工作，組織開展對外科技合作與交流，協同有關部門組織技術出口和技術引進、消化、創新工作。
8、負責管理軟科學研究、科技信息、科技宣傳工作；統籌協調科普工作；指導科技咨詢、招標、評估等科技中介服務機構的工作；負責科技統計工作。
9、協同有關部門研究有關科技人員的政策，參與地方科技管理人員的教育培訓工作。
10、承辦黨委、政府交辦的其他事項。
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