聯合國教科文組織在其主管的教育、科學、文化、傳播與信息等業務範圍內設立了十多個政府間機構及大型合作計劃，以推動國際智力合作，其中主要有：國際教育局、人與生物圈計劃、國際地質對比計劃、國際水文計劃、政府間海洋學委員會、社會變革管理計劃、世界遺產委員會、促使文化財產歸還原主國或歸還非法占有文化財產政府間委員會、世界版權公約政府間委員會、國際傳播發展計劃、綜合信息計劃、政府間信息學計劃、政府間體育運動委員會等。教科文組織大會選舉產生的各執行理事機構負責規劃和管理各計劃的活動，並建立各自的國際或地區合作網絡，如“國際生物圈保護區網絡”，“世界遺產名錄”等。此外，教科文組織還同世界上三百多個在教育、科學、文化等領域有重要地位和影響的非政府國際組織建立了正式（協作類、咨詢類）關系或業務關系。 發展教育是教科文組織的工作重心。1990年，教科文組織與聯合國其他有關機構合作，在泰國召開了世界全民教育大 會，會議提出的掃盲和普及初等教育的目標對國際社會未來10年的教育發展產生了深刻影響。1998年10月，教科文組織在巴黎首次召開了規模空前的“世界高等教育大會”，會議對高等教育的質量、目標、資金籌措和管理、國際合作等問題進行了專題研討，通過了《面向21世紀高等教育宣言：觀念與行動》及《高等教育變革和發展的優先行動綱領》。1999年4月，教科文組織在韓國漢城召開了“國際職業技術教育大會”。會議提出職業技術教育不是終極教育和簡單的技術培訓，而是終身教育體系中的壹個環節，是提高人的能力與技能、面向就業和發展人的創造性的壹種教育。2000年4月，教科文組織在塞內加爾舉辦了“全民教育論壇”，總結了過去10年掃盲和普及初等教育過程中存在的不足之處並制定今後工作的新戰略。
世界環境問題日益成為人類關註的焦點，生態保護和自然資源管理是教科文組織在科學技術領域的優先計劃。1996年9月，教科文組織發起並在津巴布韋首都哈拉雷召開了世界太陽能高峰會議，體現了該組織“非洲優先”和為非洲的持續發展做貢獻的方針。根據九十年代國際生物技術迅猛發展的形勢，教科文組織於1995年成立國際生物倫理委員會，研究制定國際準則性文件。1997年11月，教科文組織第29屆大會通過“人類基因組與人權宣言”，對世界各國人類基因組的研究作出道德規範。1999年6月，教科文組織與國際科學理事會合作，在布達佩斯舉辦了“世界科學大會”。會議通過了《科學宣言》和《行動綱領框架》兩個重要文件。 教科文組織壹向重視文化在發展中的地位和作用。1991年，教科文組織發起成立了以聯合國前秘書長佩雷斯·德奎利亞爾為首的世界文化和發展委員會，著手研究文化與發展的關系。1995年秋，教科文組織發表了該委員會編寫的題為“我們創造性的多樣性”的報告。為落實該報告提出的有關建議，1998年3-4月，教科文組織與瑞典政府合作在斯德哥爾摩召開了“文化政策促進發展政府間會議”。這是教科文組織繼1982年墨西哥城文化政策會議以來，討論文化問題規模最大的壹次政府間會議。會議對文化多樣性、文化與發展的關系、文化權利、國際文化合作等問題進行了廣泛討論，通過了《文化政策促進發展行動計劃》 。 可持續發展問題世界首腦會議（約翰內斯堡，2002年）強調指出，在為做出恰當的決定和制定明智的政策以促進可持續發展建立壹個可靠框架方面，賦予了科學極其重要的作用。教科文組織利用該會議的結論和建議來擬定自己的科學計劃，還利用了1999年在布達佩斯舉行的科學會議的結論和建議。通過將信息和傳播技術納入改善科學和文化教育以及建設知識社會，教科文組織在科學領域繼續開展行動，以消除貧困，尤其是赤貧。這項工作的目的是，通過合理管理環境、將環境觀納入國家發展戰略以及增強各國家協會和組織、尤其是與婦女權利有關的組織的作用，改善人類安全狀況，以便走上可持續發展的道路。教科文組織還參與提高發展中國家的能力，尤其是在基礎科學、生命科學以及工程學和技術領域。另外，教科文組織（通過對各供資機構做工作）向各國政府提供建議和技術援助，以便使其能夠擬定和執行科學和技術領域的有效政策和戰略。教科文組織與許多聯合國機構、聯合國科學技術組織以及非政府組織開展合作。其主要合作夥伴包括監督各個科學中心和研究團體的國際科學理事會以及國際工程學和工藝學理事會。
水是聯合國教科文組織優先關心的重點問題。因此，“國際水文計劃”旨在提供在尊重環境的情況下以有效和公平的方式管理這壹珍貴資源的必要的科學知識、技術信息和戰略建議。同樣，“國際水文計劃”致力於開發工具和制定預防戰略，以避免在國家間或者甚至是壹國內部就水的問題發生沖突。
此外，政府間海洋學委員會除了協調聯合國各機構外，還負責長期監測海洋的情況，以改進氣象預報，預告厄爾尼諾現象的出現，並且在發生海嘯或颶風的情況下能夠提前足夠長的時間發出預警。同樣。該委員會參與建立全球海洋觀測系統，該系統將確保浮標、船只和專用衛星提供的數據之間的聯系，以便更好地了解洋流與氣候之間的聯系。 聯合國教科文組織在教育領域的計劃旨在實現所有級別持續壹生的全民教育目標。事實上，教育對個人發展、經濟增長和社會團結至關重要。這也是在與貧困做鬥爭和維持可持續發展中起決定性作用的壹項工作。2000年在達喀爾（塞內加爾）舉辦的國際教育論壇為在實現這些目標方面取得進步制定了壹個行動框架：
加強對幼兒階段的關註和教育；普及全民初級教育；增加年輕人和成年人的受教育機會；將成年文盲的比率減少壹半；努力實現兩性平等；在各個方面改善教育質量。
在這些目標中，兩個主要的、並且也是聯合國千年發展目標中所包括的目標是：普及初級教育和消除兩性間在受教育方面的不平等現象。正是在這個框架內擬訂了教科文組織的中期戰略（2002－2007年），戰略所依據的三個主要目標是：增進教育這壹基本人權；通過內容和方式的多樣化改善教育質量；在這壹領域促進試驗、創新、公布、交流和分享數據及更好的方法，並且鼓勵圍繞教育政策進行對話。 在社會科學和人文科學領域，聯合國教科文組織的作用是確保知識、標準、智力合作的進步，以促進保障正義、自由和人類寬容等世界性價值標準得到鞏固的社會轉變。因此，主要使命可以歸結為以下幾點：研究現實（通過社會科學和人文科學領域基於經驗的研究）；預見在這壹現實中可能會發生什麽（通過哲學和觀察研究）；以及查清被推測為現實的東西（通過倫理和人權），目的是縮小現實與更美好的現實之間的差距。從非洲只有壹個班級的學校教學到亞洲的教育部長們，教科文組織在各個層面開展工作，以促進有利於人權的信息傳播和教育。通過為培訓教員提供材料、組織會議、幫助制定戰略和發展國家、區域和國際網絡，教科文組織努力把人權和反對歧視與不寬容的鬥爭作為研究和決策的重要主題。在促進與《世界人權宣言》有關的公約和國際文書的同時，本組織還鼓勵在被忽視的人權領域開展研究。這些領域與文化和社會問題有關，如兩性平等和受教育的權利。
聯合國教科文組織有關科學進步的倫理態度也適用於與全球化有關的社會巨變。借助“社會變革管理計劃”，教科文組織通過壹系列實地項目、磋商和大學網，就城市化和管理等問題開展研究。社會變革管理計劃越來越側重於能夠幫助各國政府或當地政府在多元文化社會中制定政策和發展適當結構的研究，重點是社會包容和消除貧困。 對促進文化多樣性的關註可以被看作是教科文組織在文化領域開展行動中的壹個優先事項。為了豐富多樣性，多樣性應該 建立在認可他人及其文化以及開展對話的基礎上，以便相互了解和欣賞。因此，如果沒有人，沒有討論，文化多樣性就不可能繼續存在。通過在2001年執行局第三十壹屆會議所做的教科文組織《世界文化多樣性宣言》，各會員國重申：堅信文化多樣性是發展的源泉之壹，其對於人類的重要性就如同生物多樣性對於大自然的重要性壹樣。另外，各國堅決擯棄文化和文明間的沖突不可避免的觀點。
聯合國教科文組織創建了全球文化多樣性聯盟。該聯盟催生了發展中國家公***部門與私營部門行動者之間為支持當地文化產業——例如音樂和出版——而締結的新型夥伴關系。該聯盟將制定新的方法、行動和戰略，以減緩文化財產方面的貿易不平衡，尤其是北方國家與南方國家之間的不平衡，同時防止盜版，確保在國際上尊重著作權。
此外，該組織是遺產保護方面的國際倡議的牽頭人。1972年通過的《保護世界文化和自然遺產公約》所依據的觀點是，某些遺址具有普遍的突出價值，因此，應被列為人類***同遺產。在不影響國內立法所規定的國家主權和知識產權的情況下，公約締約國承認，保護世界遺產是整個國際社會的義務。《世界遺產名錄》如今已收錄了981個自然和文化遺產，其中包括從印度的泰姬陵到馬裏的通布圖城等歷史遺跡，還包括像澳大利亞的大堡礁這樣的自然奇觀。世界遺產中心是公約的常設秘書處。
聯合國教科文組織為保護特殊遺產提供技術援助，如（柬埔寨）吳哥的高棉古都和摩洛哥的非斯城。正在阿富汗開展壹個新項目，阿富汗的文化遺產之豐富在世界上名列前茅。
不能把我們***同遺產的這個方面，即文化和自然遺址，與人的個性割裂開來，是不同個性的人創造了文化表達方式多種多樣的豐富多彩的文化和自然遺產，尤其是在發展中國家。這壹文化遺產大都表現為非物質遺產的形式：節日、歌曲、語言和激發創造性和團結精神的集會地點。教科文組織制定了第壹部旨在保護這壹遺產的國際法律文書：《保護非物質文化遺產公約》。壹個國際評審委員會在2001年選中了首批19項《人類口述和非物質遺產代表作名錄》，其中包括中國的昆曲；該委員會定期將其他傑作列入該名錄，目的是提供法律保護和財政幫助。
形式為：
（1）、制定國際準則性文件，如公約、議定書、建議書、宣言等；
（2）、召開各類政府間國際會議；
（3）、組織開展各類專業學術研究活動；
（4）出版各類圖書、期刊、報告、文獻、音像制品及電子制品；
（5）、以專家咨詢、設備支助等形式向會員國提供技術援助；
（6）、舉辦培訓、研修、實習等活動；
（7）、向非政府國際組織提供支助；
（8）、與會員國和地區性機構合作開展業務活動。