1、所保護的側重點不同
論文是某壹學術課題在實驗性、理論性或觀測性上具有新的科學研究成果或創新見解，或是某種已知原理應用於實際中取得新進展，這些論文的目的主要是用於在學術會議上宣讀、交流或討論，或者在學術刊物予以發表，也有壹些形成項目文件作為項目申報或者答辯的依據。
從這個角度來看，論文有時候完全是純理論的東西，如壹些數學公式、算法推理等等，同時，對於論文所要表達的內容並無太多限制。論文帶給作者的很多時候只是榮譽以及著作權。
專利明顯不同，專利可保護的內容有限制，象數學公式、科學發現、外科手術方法、克隆技術等可以用論文形式發表的，都不能用專利來保護。這些在專利法中被歸結為智力活動或者治療方法，不屬於專利法保護範疇。
申請專利的重點在於知識產權保護，發表科研論文的目的在於知識傳播和分享。
2、撰寫方式不同
專利申請書的第壹部分為背景技術介紹，要求申請人對背景技術及其不足之處進行描述和總結。論文或者項目的第壹步部分和發明專利申請書很類似，也是介紹前人的研究工作及不足之處。不同之處在於論文必須引用和列出相應的參考文獻，而專利申請則可以不列參考文獻。
專利申請書的第二部分為技術方案。這部分和論文的方法比較類似，但不同之處居多。這部分內容中，要求申請人用文字和公式闡述發明的技術方案，而不能用圖表。即使發明的技術方案用圖表更容易說明問題，發明人也必須把圖表內容轉換成文字。
尤其是涉及到復雜裝置的技術方案，用文字表述需要特殊技巧。論文的方法部分則沒有多少限制，論文撰寫人可以選擇更容易讓讀者理解和明白的論文撰寫方式，可以有詳細的公式推導和圖表，甚至可以直接插入實驗器材照片，而這些在專利申請文本中是不允許的。
3、審查不同
從審查角度，專利由專利審查人審查，重點判斷發明的技術方案和現有文獻有無重復之處，專利檢索新穎性是是否能獲得授權的重要壹環，專利審查員往往會從專利庫、論文庫以及國際專利庫、論文庫中進行國際性檢索。
而科研論文由同行審稿，重點判斷實驗數據是否可靠，結論是否準確。由於專利審查員壹般不是同行，發明的技術效果無法通過專利審查保證。