馬普所和中科院壹樣，有很多子所，下面是子所的列表：
馬克斯普朗克進化人類學研究所，萊比錫
馬克斯普朗克天文研究所，海德堡
馬克斯普朗克天體物理研究所，加興
馬克斯普朗克研究所社會人類學，哈勒/薩勒
圖書館Hertziana -馬克斯普朗克研究所藝術史，羅馬
馬克斯普朗克生物化學研究所，馬丁斯瑞德
馬克斯普朗克生物地球化學研究所，耶拿
馬普學會生物，圖賓根
馬克斯普朗克生物物理研究所，法蘭克福/美
馬克斯普朗克生物物理化學研究所（卡爾弗裏德裏希邦赫費爾研究所），哥廷根
馬克斯普朗克研究所腦研究，法蘭克福/美
馬克斯普朗克研究所生理行為，塞維森閉幕
馬普學會植物育種研究，科隆
馬克斯普朗克研究所分子生物醫學，明斯特
馬克斯普朗克化學研究所（奧托哈恩研究所），美因茨
馬克斯普朗克生物無機化學，米爾海姆/魯爾，原馬普學會輻射化學
馬普學會膠體與界面，戈爾姆灣波茨坦
馬普學會生物控制論，圖賓根
馬克斯普朗克化學生態學研究所，耶拿
馬克斯普朗克研究所的集體商品，波恩研究
馬克斯普朗克研究所細胞生物學，拉登堡灣海德堡，2003年關閉
馬克斯普朗克研究所分子細胞生物學和遺傳學，德累斯頓
馬克斯普朗克人口研究所，羅斯托克
馬克斯普朗克研究所的動力學和自組織，原馬普研究所流的研究，哥廷根
馬克斯普朗克研究所的復雜的技術系統，馬格德堡動力學
馬普學會發育生物學，圖賓根
馬克斯普朗克研究所經濟學，耶拿
馬克斯普朗克實驗內分泌學研究所，漢諾威
馬普學會地外物理，加興
馬克斯普朗克研究組的蛋白質折疊，酶學哈勒/薩勒
馬克斯普朗克實驗醫學研究所，哥廷根
馬克斯普朗克外國和國際刑法，弗賴堡
馬克斯普朗克外國和國際社會法，慕尼黑
弗裏德裏希米歇爾實驗室省油，蒂賓根
Fritz Haber研究所的省油，柏林
馬克斯普朗克引力物理研究所（阿爾伯特愛因斯坦研究所），戈爾姆灣波茨坦
馬克斯普朗克人類認知和腦科學，萊比錫
馬克斯普朗克人類發展研究所，柏林
馬克斯普朗克研究所的法律，法蘭克福的歐洲歷史/主
馬普學會科學，柏林歷史
馬普學會鋼鐵研究所有限公司，杜塞爾多夫
馬克斯普朗克研究所免疫生物學，弗賴堡
馬普學會生物感染，柏林
馬普學會信息，薩爾布呂肯
馬克斯普朗克知識產權，競爭法和稅法，慕尼黑
馬克斯普朗克比較公法和國際法，海德堡
馬克斯普朗克研究所的縮圖Kohlenforschung（煤炭科學）（rechtsfähige基金會），米爾海姆/魯爾
圖書館Hertziana -馬克斯普朗克研究所藝術史，佛羅倫薩
馬克斯普朗克研究所湖泊普倫
馬克斯普朗克數學研究所，波恩
馬克斯普朗克研究所的科學，數學萊比錫
馬克斯普朗克醫學研究所，海德堡
馬普學會金屬研究所，斯圖加特
馬克斯普朗克氣象研究所，漢堡
馬克斯普朗克海洋微生物學研究所，不來梅
馬克斯普朗克陸地微生物學研究所，馬爾堡
馬克斯普朗克微結構物理研究所，哈勒/薩勒
馬克斯普朗克工作組結構分子生物學的德國電子同步加速器研究所，漢堡
馬克斯普朗克分子遺傳學研究所，柏林
德國馬普核物理研究所，海德堡
馬克斯普朗克研究所神經生物學，馬丁斯瑞德
馬克斯普朗克學會神經學研究，科隆
馬普學會鳥類，Andechs -二苓（生物節律和行為），拉多爾夫采爾，塞維森（生殖生物學和行為）[2]
馬克斯普朗克分子植物生理學，戈爾姆
馬克斯普朗克物理研究所（海森堡研究所），慕尼黑
馬克斯普朗克研究所復雜系統的物理，德累斯頓
馬克斯普朗克研究所固體化學物理，德累斯頓
馬普學會地外物理加興，
馬克斯普朗克分子生理學研究所，多特蒙德
馬克斯普朗克研究所的生理和臨床研究，長因子的飼養
馬克斯普朗克等離子物理研究所，格賴夫斯瓦爾德
馬普高分子研究所，美因茨
馬普學會外國私人和國際私法，漢堡
馬克斯普朗克精神病學研究所，慕尼黑
馬普學會心理語言學，奈梅亨
馬克斯普朗克研究所的心理學研究，慕尼黑
馬克斯普朗克量子光學研究所，加興
馬克斯普朗克射電天文研究所，波恩
馬克斯普朗克研究所軟件系統，凱澤斯勞滕和薩爾布呂肯
馬普學會太陽系研究所的前身馬克斯普朗克高層大氣科學研究所，卡特倫堡，林道
馬普學會固體研究所，斯圖加特
馬克斯普朗克研究所的宗教和種族多樣性，原馬普研究所的歷史，哥廷根研究
馬克斯普朗克研究所社團，科隆研究
馬克斯普朗克光科學研究所，愛爾蘭根