最後，在我國非典型肺炎流行期間，馬旭同誌帶領他的研究組，建立了包括SARS冠狀病毒在內的引起非典型肺炎的8種常見病毒的鑒別診斷技術，並按照國家醫藥品管理局頒布的技術要求，聯合解放軍總醫院、小湯山野戰醫院、北京大學第壹醫院、協和醫學院進行了臨床試驗研究，形成了發明專利和軟件著作權，正式向國家醫藥品管理局申報。該產品是我國唯壹可用於SARS病原體鑒別診斷的產品，其臨床試驗結果已在世衛組織SARS國際會議上專門介紹。總之，馬旭同誌的學術研究領域從出生缺陷和重大生殖健康疾病的病因學、關鍵防控技術的研發、生物技術藥物的產業化、防控方案到相應技術標準的研究，從而形成了以出生缺陷幹預和重大生殖健康疾病防控為重點的科技創新鏈。
在科技成果轉化和產業化方面，馬旭同誌特別重視科技成果向現實生產力的轉化。母嬰Rh血型診斷技術1項技術成果轉化資金600萬元，並在此基礎上建立了符合生物技術產品開發國家標準的實驗基地，為進壹步研發生殖健康相關生物技術產品奠定了基礎。馬旭同誌研發的產前診斷項目，在中關村高新技術產業園區註冊了壹家生物技術公司，並擔任公司首席科學家，直接領導了自主系列生物技術高新專利成果的轉化和產業化。公司被北京市科委認定為北京市高新技術企業，同時也是國家“十五”科技攻關項目的承擔單位。其中，唐氏綜合征產前篩查系統已完成17萬次臨床試驗，同時向國家醫療產品管理局申報。在國家人口計生委出生缺陷幹預工程技術研究中心，已經開發了SARS病原體的鑒別診斷系統，並申請了發明專利，已進入申報程序。在與國內外生物技術公司的合作方面，既有與美國、日本等國際著名生物技術公司的橫向合作項目，也有與國內著名生物技術公司的橫向合作項目，這種合作極大地促進了科技成果的轉化和產業化。在科技管理和制度創新方面，馬旭同誌率先推行了聘任制、激勵淘汰機制、全成本核算管理等多項企業管理措施，設置了知識產權和人力資源管理專職人員。中心僅有固定工作人員4人，外聘科技人員15人(其中教授3人，博士2人)，外聘管理人員3人，研究生13人，博士3人。馬旭同誌試圖進壹步探索符合市場經濟規律和科學技術自身發展的科技成果轉化途徑，以體制機制創新提高科技管理水平，以制度創新推動科技創新，最終實現人才、技術和經濟運行的良性循環。