（壹）辦公室（市國防動員委員會科技動員辦公室）
綜合協調機關政務工作；負責有關重要文件起草、重要會議組織、政務信息、督查督辦、文電處理、秘書事務、科技宣傳、文書檔案管理、保密、信訪和機關信息化工作；牽頭組織人大代表建議、政協委員提案辦理工作；負責機關規章制度的制定、實施和機關實物資產及行政後勤管理工作；協調指導區縣科技工作及直屬事業單位日常行政事務；負責科技擁軍和市國防動員委員會科技動員辦公室日常工作。
處室負責人：劉啟祥
（二）政策法規處（綜合改革協調處）
擬定全市科技發展和南京科技體制綜合改革試點城市建設的政策、措施、總體規劃及專項規劃；負責協調科技體制綜合改革工作中的政策落實和聯絡協調等日常工作；起草相關地方性法規、規章草案；負責管理全市軟科學研究工作；牽頭組織調研工作；指導協調科技興縣（區）工作；牽頭負責科普工作，承擔市科普工作聯席會議辦公室具體工作；負責依法行政有關工作。
處室負責人：曾絢
（三）規劃財務處
組織擬訂全市科技發展規劃和年度計劃；擬定建設科技投融資體系、增加科技投入的政策措施；負責編制歸口管理的全市科技經費的預、決算，並對經費的使用與管理進行監督檢查；負責擬定科技經費財務管理制度；負責機關財務管理工作及編制機關和直屬事業單位基建計劃；牽頭組織對口幫扶城市科技協作交流工作；負責科技統計監測和分析工作。
處室負責人：李 偉
（四）科技條件與服務業處
擬訂全市科技基礎設施建設規劃和政策；編制和組織實施科技基礎條件平臺建設計劃以及科技服務業發展計劃；負責市級工程技術研究中心、科技公***服務平臺、院士工作站的組建、管理和驗收；擬定促進技術市場發展政策，指導技術合同認定登記工作；負責安排市屬科研院所科學事業費；負責實驗動物的管理工作；負責科技社團及科技類民辦非企業單位登記前的審核事宜。
處室負責人：趙 楠
（五）高新技術發展及產業化處
擬定全市高新技術發展及其產業化的政策措施和建議；負責產業技術創新戰略聯盟構建；承擔國家級高新技術產業開發園區的有關工作；組織實施國家、省、市各級高新技術產業領域火炬計劃、重大科技支撐計劃、科技發展計劃以及科技型中小企業技術創新基金項目；負責國家、省高新技術企業、創新型企業以及高新技術產品、重點新產品等認定的組織、協調、推薦和管理工作；負責孵化器的管理和業務指導；會有關部門***同組織市創新型企業、自主創新產品的認定工作；組織實施高新技術改造提升傳統產業的重大示範工程；歸口管理民營科技工作。
處室負責人：蔣金平
（六）科技成果與產學研合作處（綜合改革推進處）
負責制訂南京科技體制綜合改革試點城市建設年度工作計劃，分解任務指標，指導、協調重點事項的推進，檢查年度計劃和任務的完成情況；擬訂促進全市科技創新、產學研合作、科技成果轉化工作發展規劃及政策，協助有關部門擬訂科技人才隊伍建設規劃；組織實施省市重大科技成果轉化計劃和科技人員創新創業計劃；負責產學研合作重大項目、載體的組織實施；組織開展全市產學研合作展覽、洽談等國內科技合作交流工作；負責國內高校、科研院所與地方科技合作工作的組織、協調和服務；組織、推進創新平臺建設；擬定科技成果登記、評價、鑒定、保密、推廣、國家秘密技術出口的管理辦法並組織實施；負責全市科技獎勵工作。
處室負責人：金 淮
（七）城鄉科技發展處
擬訂並實施全市農村和社會發展領域科技進步規劃、政策和措施；統籌城鄉科技發展，指導農業、社會事業和涉農工業科技進步工作；編制和組織實施市社會事業科技進步專項計劃；組織實施涉及資源環境、節能減排、醫療衛生、公***安全和可持續發展綜合實驗區等社會發展科技試點、示範工作；編制及組織實施市級農業科技研發和產業化計劃；負責全市科教興農工作的組織協調和監督檢查；組織實施農村重大科技項目及星火計劃項目；負責農村先進適用技術推廣和科技試驗示範工作；指導農業科技載體和農村科技服務體系建設；組織協調科技幫促工作。
處室負責人：李 奇
（八）國際科技合作處
擬定國際科技合作與交流的相關政策措施；編制並組織實施全市國際科技合作和對外交流計劃；組織開展全市國際技術轉移工作和南京國際科技顧問聘任管理工作；承辦涉港澳臺科技合作與交流事宜；承辦對外科技合作、交流中有關團組、人員出國（境）審核事項；協助本市因公出國（境）人員會審工作。
處室負責人：陳為生
（九）知識產權綜合管理處
草擬全市知識產權的地方法規、規章；擬訂並組織實施全市知識產權工作發展規劃、計劃；指導企事業單位知識產權工作；負責全市知識產權人才培訓、宣傳工作；組織重大專利技術實施、運用與產業化；負責全市專利產業化基地認定、管理工作；負責全市優秀專利獎評審工作；管理全市專利信息網絡；歸口管理全市專利展示交易、無形資產評估、專利申請資助工作；負責全市專利統計、分析工作；負責全市專利中介機構業務指導；負責知識產權辦公會議的日常工作。
處室負責人：柯飛帆
（十）知識產權行政執法處
編制全市專利行政執法的規劃、計劃；負責全市專利行政執法工作；負責全市涉外專利案件的處理，協調全市涉外知識產權事宜；組織開展本市重點領域、重點產業、重大專項的知識產權保護及重大經濟活動中的知識產權審查工作；負責大型展會現場知識產權監督、咨詢與保護工作；負責全市知識產權法律援助工作指導與歸口管理。
處室負責人：傅 健
（十壹）人事處（離退休幹部處）
負責機關和直屬單位機構編制、幹部人事、勞動工資、人事檔案管理、幹部培訓及出國人員審查工作；承擔設在本委的工程技術、自然科學研究系列專業技術職務評委會評審組織工作；負責委系統安全保衛工作。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
處室負責人：牟曉健
（十二）機關黨委
負責機關和直屬單位黨群工作。
處室負責人：邵蘇清
（十三）派駐監察室
監察室是市紀委、市監察局派駐機構，履行紀檢、監察工作的職能。
處室負責人：肖 偉