解決農藥引起食品安全問題的關鍵是嚴格遵照《農藥管理條例》和《農產品質量安全法》，大力推廣國家標準“農藥合理使用準則”，積極引入“危害分析和關鍵控制點（HACCP）”技術，加強農業生產和食品加工過程中安全生產的管理。
1．加快立法步驟，加強科學管理
我國制定的《農藥登記規定》的主要內容只是要求國內生產的農藥新產品投產前必須進行登記，未經批準登記的農藥不得生產、銷售和使用以及外國廠商向我國銷售農藥必須先行登記。1997年經國務院批準，又頒布了《農藥管理條例》，這是我國第壹部具有法規性質的農藥管理文件。但是，這個文件的核心內容只限於農藥在生產、經營與使用方面的管理，而對那些已登記的農藥品種，投入使用進入環境以後對生態環境是否造成汙染、對人體健康是否造成危害、已經造成汙染與危害的農藥品種如何進行控制等，在該條例中仍然未涉及。隨著《農產品質量安全法》的實施，上述問題的管理將在法律上予以保證。
各級有關部門應加強農業技術推廣機構的建設，穩定基層農業技術隊伍，使之更好地為“三農”服務。如法國農業部和地方政府設有植物保護機構，其任務是宣傳教育，傳授和普及植保技術，不斷提高農民的環保意識、法制觀念及植保科技素質。
加強農藥生產企業管理，保證能給農民提供安全的農藥。據了解，我國目前有國有、合資、個體等大大小小2000多家農藥生產企業，大多處於小規模、低水平重復生產，並由此導致了低水平的惡性競爭和農藥市場的混亂無序。治理農藥汙染，首先要加強對生產企業引導，走規模化、自主創新的發展道路。
2．加強農業生產者的教育
提高農藥用戶科學素質，推廣實施科學安全用藥技術。如瑞士1990年就建立了植保員培訓制度，只有接受過專業培訓，並通過考試，合格者才能頒發植保員證書。植保員證書有效期5年，到期重新考核。我國應積極采取有效措施，宣傳、指導和督促農民科學、合理地使用農藥，嚴格執行國家制定的安全、合理使用農藥的標準。
3．加大在新型、低毒、高效農藥研制和推廣方面的投入
淘汰對人體危害較大的劇毒、高殘留農藥，研究推廣快速的農藥降解技術，減少或消除農藥殘留對食品安全的影響。
只有能夠為生產者提供更多新型的、對人類安全、無環境汙染或汙染較小、高效、易降解的低殘留農藥，生產者才能夠較快地放棄高毒農藥的使用，減少農藥用量和施用次數，從而降低農產品的農藥殘留。
發展生物農藥、開發生物源農藥和基因工程農藥是當今國際農藥研究開發領域的熱點，人們希望從中找到符合要求的環保型新農藥。目前，我國新農藥研發上加大了投入力度，“十五”時期我國有21個具有自主知識產權的農藥品種取得農藥臨時登記，其中6個品種完成了全部4個階段的毒理學試驗，實現了創制農藥零的突破。如沈陽化工研究院創制的殺菌劑氟嗎啉、江蘇省農藥研究所股份有限公司研制的昆蟲生長調節劑呋喃蟲酰肼。這些創制品種成為中國首批具有自主知識產權的新農藥。
目前我國的綠色農藥新劑型也正在快速發展，特別是近幾年來，綠色農藥制劑進入了快速發展階段。據不完全統計，目前已開發成功或正在研發的品種有70多個，品種涉及有機磷類農藥、菊酯類農藥、雜環類農藥。說明我國綠色農藥新劑型也開始進入大力研制和發展階段。
4．提高農藥殘留檢測能力和速度
農藥殘留分析是復雜混合物中痕量組分的分析技術，需要高靈敏度的檢測手段。1960年後氣相色譜技術得到飛速發展，許多高靈敏的檢測器開始應用，解決了過去許多難以檢測的農藥殘留問題。70年代以來，高效液相色譜的發展拓寬了農藥殘留的分析範圍。目前，毛細管氣相色譜和高效液相色譜及其聯用技術是農藥殘留分析的主要手段。
在許多發達國家，由於蔬菜生產基地相對集中，批發商將蔬菜運到銷售地點後，即儲存在倉庫中，同時向地方政府所屬的殘留檢測部門申請檢測，檢測部門有相對充分的時間對抽檢的樣本用儀器進行分析，合格者允許進入市場銷售，不合格者，就地銷毀。快速檢測技術已在韓國、泰國、越南等國家及我國臺灣、香港推廣應用，使農藥殘留量超標的蔬菜能得到有效的管制。由於我國的蔬菜生產大多比較分散，銷售的蔬菜要保持新鮮，蔬菜由采收到市場銷售，所經時間很短，必須采用符合我國產銷特點的檢測方法。目前，酶抑制法、免疫分析法、儀器分析法等是研究和應用較為廣泛的農藥殘留快速檢測技術手段。