RNA和蛋白質的相互作用位點可以用亞單核苷酸的分辨率來定義。ICLIP技術可以在細胞內通過紫外線刺激使RNA和蛋白質發生交聯的位點發生交聯，通過RNA免疫分離、蛋白質消化等步驟純化RNA和結合的蛋白質。用RT-PCR擴增純化樣品中的RNA序列，用高通量測序技術對其進行測序，從而確定RNA序列和結合蛋白序列。
通過iCLIP技術，我們可以定量確定RNA序列中與蛋白質相互作用的位點，精確定位RNA剪接和編輯位點，識別與RNA調控相關的新的蛋白質結合因子。ICLIP技術可用於分析RNA與蛋白質的各種相互作用，從而揭示RNA在基因表達調控、剪接調控、RNA編輯等RNA調控中的作用機制。
中國iCLIP技術瓶頸:
核酸接頭是整個iCLIP實驗的核心關鍵物質之壹。它可以從壹開始就引導DNA(對應RNA)的富集，增加特定序列的數量並被檢測到，最後“魚出大海”，就像釋放了壹個“信號智能追蹤器”。序列結尾的精確匹配和忠實錨定是其基本要求。
國內的方法是設計隨機引物，總會命中某個片段。而隨機引物無法連接到RNA和蛋白質的結合位點，需要專門從頭設計壹個接頭，合成相應的DNA鏈，然後“打印”出RNA進行測序。
“特別設計”在壹些實驗中體現為預腺苷化和磷酸化，而這種“接頭”在國內是沒有的。事實上，在技術實力強、知識產權很多的大公司的國家，基因測序公司提供包括聯合合成在內的服務，但在中國是找不到的。