由於116號文規定“專門用於研發活動的儀器、設備的折舊費或租賃費”可以加計扣除，所以，壹方面，即使是企業用於研發活動的儀器、設備，但用於這些儀器、設備運行的維護、維修、改建、改裝等費用（包括期間費用和資本化費用）不可以加計扣除；另壹方面，企業用於研發活動的非儀器、設備類的其他固定資產的折舊費、租賃費，以及發生的維護、維修、改建、改裝等費用（包括期間費用和資本化費用）也不可以加計扣除，如用於研發活動的房屋、建築物及汽車等交通運輸工具；此外，既用於研發活動又用於壹般生產的儀器、設備的折舊費和租賃費以及發生的維護、維修、改建、改裝等費用，因並非專用也不可加計扣除。
116號文規定：“專門用於中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發及制造費”可以加計扣除，所以，企業用於中間試驗和產品試制設備的調整及檢驗費，樣品、樣機及壹般測試手段購置費，試制產品的檢驗費等不可以加計扣除。依據116號文，“研發成果的論證、評審、驗收費用”可以加計扣除，所以，研發成果的評估以及知識產權的申請費、註冊費、代理費等費用不可以加計扣除。