1，知識產權的技術含量不高。
實用新型專利的采用周期約為1年，發明專利的采用周期更長，需要1年半到三年。大多數知識產權不足的企業都渴望申請高新技術。
保證“擁有自主知識產權”加分的最快方法是申請軟件著作權。企業申請軟作品純粹是為了申報高新技術，知識產權的關聯度較低，甚至軟作品與R&D項目和產品的關鍵技術完全無關，會導致企業的知識產權得分較低。
2.科技成果與產品關聯度低
在新的工作指南中，科技成果轉化能力由技術專家打分，綜合評價企業科技成果轉化的整體情況。沒有明確統壹的衡量標準。對於企業來說，成果轉化越多越好。成果與產品的相關性和有效轉化也是高分關註的重點。
有哪些技術成果？是如何轉化的？在哪個產品中使用？申請的效果如何？是否創收等等都是企業需要詳細描述的要點！有的企業“強行轉型”，知識產權與項目、產品嚴重不匹配，成果幾乎與產品無關，妳再怎麽巧舌如簧也無濟於事。
3.人事和財務管理制度存在漏洞。
新的工作準則加強了企業，特別是鄉鎮技術企業對社保人員的檢查。很多新成立的公司為了省錢，往往不給核心創業者甚至初創團隊的員工繳納社保，把錢省下來用於產品研發、生產和銷售。
另外，近兩年新成立的企業，主要是技術型人才創辦的，技術相對先進，但財務管理相對寬松。由於網上支付的發展，現在很多企業在網上收款直接入賬，即使進入公司賬戶也很少開發票，導致賬目混亂。
在後補材料中，往往很容易看到制度中寫明有具體的獎勵和激勵金額，但沒有獎金、匯款或現金收據的證據，使得審計專家對其各項管理制度產生懷疑，導致扣分。
4.該團隊缺乏編寫申請材料的經驗。
對於中小企業和第壹次申請高新的企業來說，對具體政策和申請流程理解不透徹，申請材料撰寫經驗不足，也是壹大難點。由於缺乏實踐經驗，團隊不清楚如何準備材料，如:R&D人員不清楚如何收集R&D項目，缺乏科學的設計和安排，抄襲專利說明書；財務人員未設置研發支出輔助賬戶，數據不壹致，企業審計報告與納稅申報不壹致且未作說明；此外，技術不強、產品描述不清晰、科技成果支持材料過於簡單，也會導致專家判斷不準確，影響應用效果。
高新技術企業失敗的原因是多方面的，需要企業做好戰略規劃和充分準備。如果想做到萬無壹失，特別是對於壹些沒有經驗的小微企業和新企業，尋求專業的服務平臺從知識產權、成果轉化、管理制度、財政資金、服務建設等方面進行評估和準備，是壹個低成本、高效率的選擇。