辦公室
負責政府事務的綜合協調；起草和審核重要文件，審核海關公文；負責組織全市稅收工作會議和局長辦公會議等重要會議；負責全市稅收宣傳工作；負責收發文件；匯編和分發政府信息；管理文檔文件；處理群眾來信來訪；組織辦理市人民代表大會和CPPCC的建議和議案；負責機要機關的保密和安全工作；制定機關內部規章制度，管理機關的財務、財產等行政事務；負責領導或組織辦公用品的采購和大宗貨物的集體采購；負責組織和管理地方稅收理論和政策研究；負責督促市局重要事項的落實。
政策和法規科
負責指導全市地稅系統的政策法規工作。負責組織協調重要稅收政策、法規和地方稅制改革方案的調查研究，並負責審核上報；會同有關部門對有關部門轉來的法規草案中涉及稅收的條款進行審查和協調。負責對市局及相關單位聯合制定和發布的規範性文件(包括批復、補充或說明性文件)的審查和會簽。負責稅務聽證、復議、應訴和賠償，並制定行政處罰制度。負責起草和解釋稅收行政執法責任、稅收執法檢查、稅收執法過錯追究、重大案件審理等稅收業務規章制度。負責監督檢查稅收法律、法規、規章和規範性文件的編纂和實施。負責市局稅務案件審理委員會辦公室的日常工作。負責稅收司法的認定和解釋，對外出具稅收法律意見書。負責對市局制定的規範性文件進行定期清理和鑒定；負責稅收問題專項調查的組織和選擇。
稅務管理第壹組
負責營業稅及除企業所得稅和個人所得稅以外的其他稅種、流轉稅和文化事業建設費的單項征收和政策管理。
稅收與行政管理第二分部
負責企業所得稅和個人所得稅的個人征收和政策管理。
收藏管理科
負責貫徹執行《稅收征管法》及其《實施細則》以及中華人民共和國國家稅務總局制定的有關稅收征收管理的辦法、制度和規定。組織實施地方綜合稅收征管法律法規，負責協調解決征管工作中的爭議問題；改革和完善地方稅收征管措施；負責地稅系統征管業務流程的規範管理；指導稅務登記、申報、稅務檢查和稅務信息管理；負責延期納稅的管理；管理稅務發票；負責企業稅務員的管理；組織起草相關稅收法規和實施細則，提出地方稅制改革建議，制定稅收業務規章制度。
規劃和財務科
匯總分析全市地稅系統的稅收核算和統計信息數據；制定稅收計劃和會計統計制度，並監督檢查執行情況。管理全市地稅系統的資金、財務、設備和固定資產；監督地方稅務系統財務制度的執行；審核並編制直屬單位的財務預決算；處理各種資金的籌集和分配；組織實施地稅系統內部審計；負責稅務憑證和完稅證明的管理。組織研究分析全市地方稅源及其變化情況。
人事教育組
負責地稅系統黨建和領導班子建設工作。按照幹部管理權限，負責本市地稅系統各級領導班子的考核和任命，管理後備幹部、幹部職工、人員編制、機構設置、勞動工資和離退休幹部；負責地方稅務系統的幹部制度改革和國家公務員制度的實施；負責系統性出國(境)審批和幹部監督考核；管理地稅系統的人事檔案。制定全市地稅系統幹部教育規劃，組織幹部學歷教育和崗位培訓；負責全市地稅系統的思想政治工作和精神文明建設。
檢查辦公室
負責監督檢查全市地稅系統各級機關及工作人員執行國家法律、行政法規和規章的情況，負責教育稅務人員廉潔從政，檢查處理行政違法案件和稅收執法違法案件。
信息技術科
負責全市地稅系統計算機應用各方面的指導和管理；負責計算機采購、配送、網絡建設和功能配置管理及維護；負責計算機軟件的推廣和應用；負責計算機管理系統的建立、人員培訓和網絡安全管理；組織實施辦公室現代化管理；負責經濟信息的提供和處理。
外國管理科
(職能由市地稅、地稅分局行使)
負責組織、指導和協調國際稅收協定在全市地稅系統的實施，研究制定和實施稅收協定實施管理辦法。組織實施全市地稅系統反避稅工作。負責本市地稅系統外籍居民稅收監管和涉外稅收信息交換工作。落實境內居民境外所得相關稅收管理規範，按照稅收協定為境內居民境外經營活動提供稅收支持，組織實施國際稅收交流與合作。參與市局的外事活動。
收費管理組
除流轉稅以外的其他收費和基金(不含文化事業建設費)的征收管理和政策管理。
黨委
貫徹黨的路線、方針、政策和省委黨工委、局領導班子的決議、指示，研究制定機關黨建工作規劃、規定和實施意見；負責組織政治理論學習和時事政策教育，協助局領導做好機關幹部職工的思想政治工作；負責黨員的教育、發展和管理。組織入黨積極分子培訓、黨員輪訓和黨員幹部培訓；承辦黨員發展和正規化的審批工作；監督黨內生活制度的執行，收繳和管理黨員黨費；按照黨章和準則的要求，對黨員幹部實行黨內監督，配合紀檢監察部門搞好黨風廉政建設。協助黨組管理機關黨組織和群眾組織的幹部，配合人事部門對省局人事進行考核和民主評議；負責領導工青婦組織，支持工青婦組織按照章程開展工作；開展機關黨建工作調研，註意發現問題，總結經驗，及時向黨組和上級黨委報告；按照黨組織隸屬關系，領導直屬行政單位和事業單位的黨群工作；承辦局領導和上級黨組織交辦的其他工作。靖江市地方稅務局
石獅市地方稅務局
南安市地方稅務局
惠安縣地方稅務局
安溪縣地方稅務局
德化縣地方稅務局
鯉城區地方稅務局
豐澤區地稅局
洛江區地方稅務局
泉港區地方稅務局
檢驗局
直屬分局
涉外稅務分局
征收分局
孟卿分局