《關於全面加強基礎科學研究的若幹意見》要求優化基礎研究發展機制和環境：
1、加強基礎研究頂層設計和統籌協調。加強統籌規劃，集中資源要素，瞄準世界科技發展前沿，突出原始創新。在國家科技計劃（專項、基金等）管理部際聯席會議機制下，成立基礎研究戰略咨詢委員會，研判基礎研究發展趨勢，開展基礎研究戰略咨詢，提出我國基礎研究重大需求和工作部署建議。強化中央和地方、中央部門間協調，推進軍民基礎研究融合發展。結合國際壹流科研機構、世界壹流大學和壹流學科建設，推進基礎研究科教融合。
2、建立基礎研究多元化投入機制。加大中央財政對基礎研究的支持力度，完善對高校、科研院所、科學家的長期穩定支持機制。采取政府引導、稅收杠桿等方式，落實研發費用加計扣除等政策，探索***建新型研發機構、聯合資助、慈善捐贈等措施，激勵企業和社會力量加大基礎研究投入。探索實施中央和地方***同出資、***同組織國家重大基礎研究任務的新機制。地方政府要結合本地區經濟社會發展需要，加大對基礎研究的支持力度。
3、進壹步深化科研項目和經費管理改革。完善符合基礎研究規律的項目組織、申報、評審與決策機制，遴選基礎研究項目時更多註重對研究方向、人才團隊及其創新能力的考察。簡化基礎研究項目任務書和預算書，落實法人單位和科研人員的經費使用自主權，使科研人員有充足時間心無旁騖地開展科學研究，讓經費為人的創造性活動服務。探索直接委托國家科技創新基地承擔國家科研任務的機制。
4、推動基礎研究與應用研究融通。在重視原創性、顛覆性發明創造的基礎上，大力推進智能制造、信息技術、現代農業、資源環境等重點領域應用技術創新，通過應用研究銜接原始創新與產業化。創新體制機制，推動基礎研究、應用研究與產業化對接融通，促進科研院所、高校、企業、創客等各類創新主體協作融通，把國家重大科技項目等打造成為融通創新的重要載體。充分發揮企業特別是轉制科研院所在產學研深度融合中的作用，推動基礎研究和應用研究工程化，吸引國內外資金、技術，提升產業競爭力。適應互聯網時代創新活動開源開放的新趨勢，創新基礎研究組織形式，探索開展基礎研究眾包眾籌，舉辦多種形式的創新挑戰賽，加強知識產權保護，建立集群思、匯眾智、解難題的眾創空間。
5、促進科技資源開放***享。加強國家科技資源***享服務平臺建設和科學數據管理，統籌國家科技創新基地規劃布局，推進國家科學數據中心、國家種質資源庫、人類遺傳資源和實驗材料庫（館）建設，促進國防科技資源開放***享。面向重要基礎科學問題和重大戰略需求，加強基礎性、公益性的自然本底數據、種質、標本等科技基礎條件資源收集。完善國家科技報告制度，推動更多國家重大科技基礎設施、科學數據和儀器設備向各類創新主體開放。強化新購大型科研儀器查重評議，建立健全科研設施與儀器開放***享管理機制和後補助機制。發揮創新券在促進科研設施與儀器開放***享方面的作用，強化法人單位開放***享的主體責任和義務。
6、建立完善符合基礎研究特點和規律的評價機制。開展基礎研究差別化評價試點，針對不同高校、科研院所實行分類評價，制定相應標準和程序，完善以創新質量和學術貢獻為核心的評價機制。自由探索類基礎研究主要評價研究的原創性和學術貢獻，探索長周期評價和國際同行評價；目標導向類基礎研究主要評價解決重大科學問題的效能，加強過程評估，建立長效監管機制，提高創新效率。支持高校與科研院所自主布局基礎研究，擴大高校與科研院所學術自主權和個人科研選題選擇權。健全完善科技獎勵等激勵機制，提升科研人員榮譽感；建立鼓勵創新、寬容失敗的容錯機制，鼓勵科研人員大膽探索、挑戰未知。
7、加強科研誠信建設。堅持科學監督與誠信教育相結合，教育引導科研人員堅守學術誠信、恪守學術道德、完善學術人格、維護學術尊嚴。指導高校、科研院所等建立完善學術管理制度，對科研人員學術成長軌跡和學術水平進行跟蹤評價，對重要學術成果發表加強審核和學術把關。抓緊制定對科研不端行為“零容忍”、樹立正確科研評價導向的規定，加大對科研造假行為的打擊力度，夯實我國科研誠信基礎。
8、推動科學普及，弘揚科學精神和創新文化。充分發揮基礎研究對傳播科學思想、弘揚科學精神和創新文化的重要作用，鼓勵科學家面向社會公眾普及科學知識。推動國家重點實驗室等創新基地面向社會開展多種形式的科普活動。