用人單位主張員工違反保密協議的，由用人單位承擔舉證責任，包括物證、人證、書證、鑒定材料等。
中華人民共和國民事訴訟法
第六十三條證據類型
證據包括:
(a)各方的陳述；
(二)書證；
(三)物證；
(四)視聽資料；
(五)電子數據；
(六)證人證言；
(七)鑒定意見；
(八)勘驗筆錄。證據必須經過查證屬實，才能作為認定事實的根據。
第六十四條舉證責任和權限。
當事人有責任為自己的主張提供證據。當事人及其訴訟代理人因客觀原因不能自行收集的證據，或者人民法院認為審理案件需要的證據，人民法院應當調查收集。人民法院應當依照法定程序，全面、客觀地審查核實證據。
中華人民共和國勞動合同法
第二十三條保密義務和競業限制用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權有關的保密事項。
對於負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定勞動合同解除或者終止後，在競業限制期內按月向勞動者支付經濟補償金。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。
二、違反保密協議的責任
1，民事責任，公司可以要求員工賠償因違約或侵權給公司造成的損失。
2.行政責任。根據《反不正當競爭法》的規定，工商行政管理部門有權依法責令停止違法行為，並可以根據情節處以1萬元以上20萬元以下的罰款。同時，工商行政管理部門也可以責令侵權人將含有商業秘密的圖紙、軟件及其他有關資料返還權利人或者銷毀。
3、刑事責任。對於違反保密協議造成嚴重後果的當事人，我國刑法規定了侵犯商業秘密罪。
刑法規定有下列侵犯商業秘密行為之壹，給商業秘密權利人造成重大損失的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處罰金；造成特別嚴重後果的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金:
(壹)以盜竊、利誘、脅迫或者其他不正當手段獲取權利人的商業秘密；
(二)披露、使用或者允許他人使用以前款手段獲取的權利人的商業秘密；
(三)違反約定或者權利人保守商業秘密的要求，披露、使用或者允許他人使用其掌握的商業秘密。
此外，知道或者應當知道前款所列行為，獲取、使用或者披露他人商業秘密的，視為侵犯商業秘密。
通過以上分析可知，根據民事訴訟法的規定，用人單位主張勞動者違反保密協議的，應當承擔舉證責任，證據種類包括當事人的陳述；書面證據；物證；視聽資料等等。如果需要法律幫助，讀者可以咨詢。