(1)治理結構復雜。我國《民辦教育促進法實施條例》規定，“民辦學校的舉辦者可以用資金、實物、土地使用權、知識產權和其他財產作為出資”，鼓勵民間資本投資辦學。此外，民辦高校的資金來源多元化，因此民辦高校的治理結構更加復雜，既有上級黨委任命的校長、副校長等高級管理人員，也有民辦高校的出資人、創辦人等管理者。然而，民辦高校的日常運營主要依靠投資者的出資，沒有政府財政撥款的支持，使得民辦高校管理中的委托代理關系模糊不清。
(2)風險多樣化。民辦高校的特點決定了民辦高校在運營過程中會面臨諸多風險，包括融資方式改變帶來的財務風險、管理中各利益相關者目標沖突帶來的運營風險、民辦高校培養目標不符合社會需求時的市場風險。面對各種風險，民辦高校必須加強自身的風險評估機制，以抵禦各種考驗。
(3)控制活動的多樣化。民辦高校作為高等教育的重要組成部分，不僅有高等教育教學和科學研究的主要任務，而且還有投融資、基礎設施建設、采購、校辦企業等經濟活動。以實現投資者的盈利目的。所以民辦高校的業務範圍很廣，當然社會責任也比較重大。這就要求民辦高校在經營過程中要註意控制活動的多樣化，同時要註意基建、采購等控制力較弱的活動。
二，民辦高校內部控制存在的問題
(壹)民辦高校內部原因造成的問題
1，組織結構不合理。我國民辦高校的組織結構主要由兩部分組成:股東會、董事會以及執行股東會和董事會決議的執行機構。股東會擁有剩余所有權、重大決策權和董事任命權，而民辦高校董事會因其虛擬的法人資格而擁有真正的決策權。民辦高校的執行機構除了執行董事會的決定外，還會結合學校自身的特點制定具體的教學計劃。然而，擁有獨立董事會和執行機構的私立學院和大學往往由家族和集團管理。董事會形同虛設，未能發揮應有的責任。民辦高校多由董事長或出資人控制，校長往往由董事控制，嚴重影響工作積極性。也缺乏監事會等類似的監督機構，導致民辦高校內部結構和權責分配必然不合理，民辦高校組織結構多而亂，可謂華而不實。同時，在教育部倡導由本科院校向技工院校轉型的背景下，我國民辦高校更傾向於側重於實用型人才的培養，組織結構更側重於教學活動，科研活動較少涉及。這種組織結構不利於民辦高校教師科研能力的提高。
2.操作風險高。民辦高校的教學質量風險和政策風險高於公辦高校，這兩種風險也是經營風險的重要組成部分。民辦高校的管理風險主要體現在教學質量風險和政策風險上。教學質量風險主要由教師、學生質量、辦學條件、質量管理、學科結構等因素引起，是民辦高校管理中的重要風險。因為民辦高校是以教學質量決定招生的，教學質量越好，教學成果越豐碩，生源越多。雖然民辦高校的辦學條件很好，教學住宿硬件設施也比較齊全，但是民辦高校的師資結構不合理，教師流失率比較高。在這種情況下，教學質量無法保證，會導致畢業生就業能力下降，從而影響招生，學校會出現財務危機。政策風險主要是由民辦高等教育法律法規的不健全、不完善和不確定性造成的，同時政策制定者對政策法規解讀的錯誤也會造成政策風險。
3.內部控制活動不規範。由於民辦高校具有企業的性質，許多民辦高校在內部控制活動的設計上借鑒了企業的內部控制規範，明確了課時安排、科研任務和相應的教學崗位報酬。對於行政崗位，他們還明確了每個行政崗位的職責，以確保不相容崗位的分離，並在壹定程度上實施了授權審批制度。但是，民辦高校在資金管理、固定資產管理等這些重要項目的設計上，內部控制活動並不完善。
(1)學費管理流程不規範。學生學費作為民辦高校的主要收入，是維持學校日常運轉的重要資金，因此對學生學費的管理是民辦高校財務管理的重中之重。但目前民辦高校學費困難，學生欠費現象普遍。很多民辦高校都意識到了這個問題，但是還沒有制定出合理的流程來解決這個問題。
(2)預算管理不完善。民辦高校預算編制和執行中存在諸多問題。民辦高校的管理不重視預算，很多民辦高校沒有設立專門的預算管理機構。由於缺乏其他部門的參與，預算編制的結果容易出現偏差。
大多數民辦高校在預算編制過程中，只關註眼前利益，不考慮民辦高校的長遠發展規劃，沒有把預算管理與學校的總體目標統壹起來，所以預算編制的可行性會比較低，更談不上權威性。在民辦高校，還有壹個普遍現象，就是校級的經費收支基本納入預算管理。但學校部分部門和具有獨立核算能力的部門資金收支分散，未納入學校整體預算管理。這樣學校的資金管理就出現了盲區，資金體外循環的現象時有發生。
在預算執行方面，部分民辦高校執行力較弱，不時隨意調整預算。更有甚者，壹些部門不按預算安排使用資金，嚴重超預算，預算制度成了壹紙空文。
(3)固定資產監管不足。隨著我國民辦高等教育的快速發展和民辦高校規模的擴大，屬於民辦高校的固定資產越來越多。各種教學辦公設備、新建教學樓、辦公樓和圖書館的大量圖書是民辦高校的重要固定資產。這些資產，無論是自己購買的，還是別人捐贈的，都顯示了民辦高校的發展壯大。因此，固定資產的管理尤為重要。在民辦高校中，對於這部分固定資產的管理，沒有明確的資產管理崗位責任制和各種資產的財產保全控制。
4.信息溝通不暢。在控制活動中表現出來的信息和溝通系統是信息和溝通的主要方式，在各個單位和部門之間使用該系統可以實現員工之間的有效溝通。民辦高校的硬件設備普遍比較完善。比如財務、資產、人事、教務、學生管理等部門基本都是用專門的軟件進行管理，非常有利於各部門員工之間的信息共享。而各部門的信息資源自系統無法實現單位、部門、員工之間的信息資源實時共享，形成了信息壁壘，在上傳和發布信息時容易產生錯誤，不利於單位和部門之間的信息傳遞。
(二)外部原因造成的問題
1，高校內部控制法律法規缺失。20世紀90年代，我國加大了對企業內部控制理論的研究，先後發布了內部控制基本準則和內部控制配套指引。然而，對高校內部控制的研究卻很少，只介紹了壹些單壹的管理方法。是缺乏法律法規來指導高校內部控制。高校內部控制制度沒有統壹的標準，高校實施內部控制的外部法律環境尚不成熟。
2.外部監督機制不健全。民辦高校具有企業和非營利單位的性質，使得民辦高校的財務信息沒有必要定期公開披露，使公眾無法監督民辦高校的內部控制；另壹方面，民辦高校的內部控制較少受到教育部門的行政幹預和監督，學校制定的財務預算缺乏上級監督。因此，在缺乏有效社會監督的情況下，高校內部控制存在執行不嚴等壹系列問題。
三、關於加強民辦高校內部控制的建議
(壹)加強民辦高校內部建設
1，樹立正確的內控意識。在民辦高校內部建設中，從管理層到教職工樹立正確的內部控制意識，對高校內部控制環境的建設有著非常重要的影響。民辦高校的成長和發展需要大量的資金，這使得民辦高校的內部會計控制顯得尤為重要。財務人員不僅要精通簡單的會計工作，還要通過業務培訓不斷提高和豐富自己的專業知識，轉變工作態度，增強服務意識，加強與師生及其他部門的合作與溝通，充分發揮資源的優化組合效應。同時，民辦高校也要明晰產權，為整個學校的管理創造良好的治理環境。
2.優化民辦高校治理結構。民辦大學復雜的治理結構決定了投資者的資本註入會影響大學的治理結構和民辦大學的經營目標。因此，在治理結構上，民辦大學應弱化投資者對管理層的控制，防止其通過辦學實現利益最大化，確保大學的公益性質。同時，民辦高校必須充分發揮董事會的監督職能，既不能讓學校成為投資者賺取利潤的工具，又要保證校長等管理人員按照董事會的決議進行管理，及時發現和糾正管理人員的錯誤行為，以更高的效率獎勵管理者。
3、規範內部控制活動
(1)規範學費管理流程。民辦高校因為沒有國家財政補貼，資金自給自足，所以民辦高校的學費比公辦高校高很多。但為了及時收回學費，民辦高校必須根據自身的專業特點和硬件設施制定合理的學費標準。對於欠學費的學生，要實施壹些激勵措施；對於貧困家庭學生，學校要積極提供助學貸款，制定合理明確的貸款申請和還款程序，嚴格執行國家收費標準，最大限度降低欠費率，確保學校學費收入。
(2)完善預算管理。民辦高校制定全面預算管理制度，應遵循合法、科學、高效、適度、經濟、系統全面、職責明確的基本原則，以可持續發展為預算編制的基本準則，把優秀的資源用在需要的地方，優化資源配置，滿足長遠發展的要求。建立全面預算管理決策機構、工作機構和執行單位三個層次的基本框架。董事會宣布預算決定後，各“院、科、部”作為預算的執行機構，必須明確各自的職能，提高預算管理和利用的效率。同時，也要加強預算管理考核。以預算為基礎，結合日常工作的執行情況，分析預算項目差異產生的原因，進行總結，進而找出原因，再根據考核制度、考核內容、考核指標實施獎懲。
(3)加強民辦高校固定資產管理。民辦高校的固定資產作為高等教育的重要組成部分，也屬於國有資產，因此固定資產的控制目標是保證民辦高校資產的安全完整和資產處置的合理性，防止國有資產流失。在固定資產的控制和管理過程中，主要從資產的購置、保管、領用、發放、盤點、處置等環節尋找關鍵控制點，將授權審批、會計記錄和資產保管分離制約，防止資產被盜、損壞和丟失。
4.建立暢通的信息和溝通渠道。對於民辦高校來說，信息溝通渠道主要是辦公軟件的應用。很多民辦高校在教務安排、辦公交流、科研交流等方面都有相應的工作軟件，必然會提高信息傳遞的效率。但是對於工作在壹線的教輔來說，這些軟件都是接單的工具。訂單效果如何，壹線教輔是否接受，無法反饋給管理層。因此，建議民辦高校管理層定期召開座談會，親自傾聽壹線教學人員的聲音，讓消息真正得到傳遞和到達。
對於民辦高校外部，民辦高校必須進行形象包裝，加大對外宣傳力度，擴大知名度，增強競爭力，與校友保持密切聯系，鼓勵校友積極為母校發展貢獻力量。
(二)營造強有力的外部環境
1，建立完善的法律法規體系。法律具有很強的約束力，完善的法律法規體系可以加強對高校內部控制建設的指導和監督，使民辦高校內部控制有法可依。因此，國家職能部門應加強對民辦高校內部控制的研究，盡快出臺壹些相關的法律法規，為民辦高校內部控制建設創造良好的法律環境。
2.加強民辦高校的外部監管。關於我國民辦高校內部控制執行情況的評估，以國家監督和內部審計為主，社會監督為輔。國家專門成立了審計部門，負責民辦高校的審計工作。這個部門的成本肯定少於通過審計節省下來的資金，不違背成本效益原則。同時，借助新聞媒體、網絡媒體和輿論監督，這些外部因素可以影響高校內部控制的建設，引起各級領導對內部控制制度建設的重視。