水利工程、土木工程、電氣工程等3個學科為“國內壹流學科建設學科”。現有水利工程、土木工程、電氣工程、管理科學與工程4個壹級學科博士點，土木水利專業學位博士點，27個壹級學科碩士點，22個碩士專業學位類別33個專業學位領域，水利工程、土木工程、電氣工程、管理科學與工程4個博士後科研流動站。工程學、化學、臨床醫學、材料科學等4個學科進入ESI全球排名前1%。獲批水利科學與工程、電力與新能源、大健康與醫學、新材料、資源生態管理與區域可持續發展、特色生物育種與生物制造等6個省級優勢特色學科群。
學校是“湖北人才工作十強高校”。現有博士生導師178人，碩士生導師1466人，國家級、省部級人才工程和專家180余人。學校聘請了包括諾貝爾獎獲得者及21位院士在內的200余名專家擔任兼職教授。
學校獲批2020年度國家知識產權試點高校，建有湖北長江三峽滑坡國家野外科學觀測研究站等40多個省部級科研平臺。近5年來，學校承擔各級各類科研項目7000余項，年均科研經費超過2.2億元，120余項科研成果獲國家科學技術進步獎特等獎等省部級及以上獎勵。學校主辦有《三峽大學學報（自然科學版）》《三峽大學學報（人文社會科學版）》《三峽論壇》等學術期刊。
目前，三峽大學已發展成為水利電力特色與優勢比較明顯、綜合辦學實力較強、享有較高社會聲譽、具有較大發展潛力的綜合性大學。