辦公室
負責機關日常行政事務的管理和組織協調，做好後勤保障，處理機關日常文電和對外聯絡；負責新聞報道並指導全系統開展工作；起草局的重要文稿；組織處理人大、政協的提案、議案和意見；負責機關文書檔案管理及信息、外事接待工作；負責局信訪、投訴受理和處理工作；負責建設工作會議和局系統協調會、機關行政例會的組織和協調工作；負責機關並指導局直屬單位的安全、保衛、保密和綜合治理工作；負責局機關刊物，協調修訂建設誌書等有關工作；指導市城建檔案館、局投訴中心工作。
計劃財務處
組織制訂全市建設行業發展中長期規劃和年度計劃：負責編制城市建設維護費及其它專項經費的使用計劃並監督實施，負責組織和指導行業的統計工作；負責局機關內部財務工作；指導和監督建設系統事業單位的國有資產管理並對系統直屬事業單位實行財務統壹管理；統壹辦理本局行政性收費及價格申報和調整工作，統壹辦理上級管理費收文工作，指導和監督局系統單位的行政性收費工作；監督建設行業招商引資、國外貸款、贈款及有限經營權轉讓工作；指導市建設系統會計協會工作。
政策法規處
組織對全市建設行業發展、建設事業體制改革和全市建設與管理工作中帶全局性的重大政策問題進行調研；指導建設行業企事業單位的改革改制；負責監督相關法律法規的實施；負責局規範性文件合法性的審查工作和法律性文件的起草；負責組織對有關方面的規範性文件制訂的征求意見答復；負責組織建設系統法制宣傳教育和培訓工作；綜合管理建設行政執法和城監執法監察，負責對以局名義作出的行政處罰的合法性、適當性進行審查並監督實施，負責對重大違法案件依法組織查處，負責對局屬執法單位的行政執法活動實施監督管理；負責受理和處理行政復議案件；負責本局與外界法律糾紛的處理。
建設協調管理處
負責協調並組織全市建設工程行政許可審批工作，會同有關部門制訂全市建設工程行政審批許可申辦程序和制度並負責監督實施，會同有關部門按規定受理行政審批申請、協調項目審批中的重大問題、提供審批服務並對審批工作實施督辦；參與建設工程項目的協調管理；對違反建設工程審批許可制度規定的單位和個人，會同有關部門予以處理；對市建設工程行政審批許可服務工作做出的貢獻的單位和個人予以表彰和獎勵；指導市建設管理服務中心、市建設管理服務處工作。
房地產開發與物業管理處
貫徹落實房地產、物業管理服務、房屋使用管理的法律法規和相關政策；組織制訂並負責實施房地產業發展規劃和年度計劃；負責房地產企業和從業人員的資質資格管理；負責房地產行業的統計工作；負責組織實施或協調指導城市舊城改造和城市綜合開發工作；貫徹落實住宅建設的有關政策措施，推進住宅產業化和住房制度改革；負責對業主委員會的備案登記管理和物業管理服務企業和從業人員的資質資格管理；負責房屋使用過程中的裝飾裝修包括變更主體和承重結構的裝飾裝修的審查管理；指導市房地產業協會、市物業管理協會工作。
工程建設管理處
貫徹執行國家、省、市建設工程質量、安全管理的法律法規和相關政策；負責建設工程施工許可證辦理和竣工驗收備案管理；負責監督建設工程監理工作並實施監理企業和從業人員資質資格管理；會同有關部門調查處理工程質量和安全事故；負責工地文明施工管理；負責建設工程檢測鑒定管理工作；負責受理和處理建設工程質量、安全投訴；指導市建設工程質量安全監督站、市建設工程檢測中心站工作。
建築業處
貫徹落實國家、省、市建設工程市場管理的法律法規和相關政策；負責建築市場的整頓和規範管理工作；負責建設工程報建和招投標管理工作；指導和管理工程造價工作；指導建築勞務市場、勞力管理和崗位培訓工作；負責建安企業、造價咨詢機構、招投標代理機構及其從業人員的資質資格管理；指導市建設工程招標投標管理辦公室、市建設工程交易中心、市建設工程造價管理站、市建築業協會、市造價管理協會、市建築裝飾協會工作。
城市管理處
貫徹實施國家、省、市有關城市管理的法律法規和政策；負責城市夜景工程管理工作；綜合協調市政園林、城建監察、環境保護、公安交通等部門實施城市管理各項工作；負責本市建築外墻裝飾的執法監督工作；負責城市計劃用水、節約用水工作。
村鎮建設處
貫徹落實國家、省、市村鎮規劃建設管理法律法規和有關政策；組織編制村鎮建設的發展規劃、小城鎮體系規劃和年度建設計劃；指導各縣、區村鎮規劃的編制、報批和實施，指導村鎮建設用地綜合開發、配套建設，組織村鎮建設試點，促進新村建設和舊村改造；指導村鎮建設工程質量和安全工作；負責村鎮建設業務幹部培訓、村鎮建設統計和管理；指導受災地區村鎮重建和村鎮遷建工作。
勘察設計處
貫徹執行國家、省、市有關勘察設計、建設抗震設防管理的法律法規和政策；參與城市總體規劃、詳細規劃、專業規劃和各類開發區規劃的編制與實施；參與編制國土規劃、區域規劃和城市規劃區範圍內的大、中型建設項目的決策研究及方案審查；管理全市勘察設計市場，研究制訂勘察設計行業發展規劃、有關政策及改革方案；負責工程勘察、工程咨詢和工程設計單位和施工圖審查機構的資格審查和管理；管理城鄉建設、工業及民用建築的抗震設防，協調人防部門檢查督促民用建築修建防空地下室的工作；負責全市大中型項目、重點建設項目、重要紀念性建築和高層建築初步設計審批；負責建設工程施工圖審批及勘察設計質量監督與管理；指導市建築設計院、市勘察設計協會、市施工圖審查機構工作。
建築材料設備處
負責全市建築材料和設備使用的監督管理工作；負責新型建築材料的推廣使用工作；負責本市新型墻體材料的認定、推廣工作；負責建築節能有關工作;會同有關部門做好《廈門市沙、石、土資源管理規定》的實施、管理工作。指導市新型墻體材料協會、市建設機械金屬結構協會工作。
科學技術處
指導和監督本系統建設科技法律法規實施和有關政策的落實；組織編制並負責實施行業科技發展規劃、計劃；組織和指導建設行業重點科研開發、技術改造和建設工程科技引進項目的論證；負責組織建設系統科技成果評議、鑒定、驗收工作；管理和指導新技術、新材料、新工藝、新設備、新結構的論證、評估、推廣應用工作和建設行業知識產權管理工作；編制與組織實施建設行業技術性規範及標準化管理；組織國際建設科技合作項目交流及引進項目的消化、吸收、創新工作；指導市建築科研院、市建設系統科學技術委員會、市土木建築學會工作。
政治處
負責局機關公務員和局系統幹部、職工的選拔、考核、教育、培訓、交流和管理；負責局系統黨的建設、精神文明和宣傳教育工作；負責局機關及直屬事業單位的機構、編制、工資管理和社會勞保統籌；負責局系統老幹部管理、***青團及社團組織管理工作；管理廈門市建設培訓中心工作；辦理局系統出國（境）人員的審核，負責人事檔案管理；負責建設行業各類管理人員和專業技術人員的崗位資格、從業資格和執業資格管理工作；負責全市土木工程中級技術職務評審及局系統技術職務評審的初審工作和建設職業技能的培訓鑒定工作。
局機關黨委負責指導和管理局機關黨務、紀檢、工會、***青團、婦女和群眾工作。
根據有關文件規定，紀檢組、監察室合署辦公，按照《黨章》、《行政監察條例》履行職責。
總工程師辦公室
研究制定我市城鎮建設科學技術方面的重大指導原則和相關運作規則；參與城鎮總體規劃、詳細規劃、專項規劃和重大建設項目論證、研究，為政府科學決策提供技術支持；牽頭協調處理建設管理中涉及多部門、多系統、跨專業的重大技術問題；參與處理搶險救災，擔當局領導的技術參謀，或受局領導委派組織指揮現場排險工作；承辦市、局領導委派的有關科技方面的重要工作。