入職簽合同時約定了違約金是合法的，但法律上規定了在兩種條件下才能約定由勞動者承擔違約金，即只有在規定約定服務期和競業禁止的條件下才能約定由勞動者承擔違約金。
法律依據:
1、《勞動合同法》第二十二條規定:用人單位為勞動者提供專項培訓費用，對其進行專業技術培訓的，可以與該勞動者訂立協議，約定服務期。勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。用人單位與勞動者約定服務期的，不影響按照正常的工資調整機制提高勞動者在服務期期間的勞動報酬。可見，如果用人單位沒有為勞動者提供專項培訓費用的，就不需要承擔違約金。
2、《勞動合同法》第二十三條規定:用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權相關的保密事項。對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，並約定在解除或者終止勞動合同後，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。簽訂了保密協議，應當自覺遵守，這個是陷阱，應當引起註意的。